Entiendo que es un subwofer que tiene solo una entrada de altavoz (positivo y negativo) para conectarlo a un amplificador "mono".
Si es así, estabas conectando 2 altavoces (sub y un B&W) en un canal y 1 altavoz (un B&W) al otro. De esa manera la impedancia de cada canal es distinta, pues al estar sub y altavoz en paralelo, disminuye la impedancia y por tanto sonará más fuerte. De esta manera, donde esté el subwoofer sonará más fuerte que el otro y, enfunción de la impedancia total, puedes dañar el amplificador. Ese daño puede ser, por ejemplo, distorsión y se puede incluso quemar.
El negativo de las tomas de altavoces suele ser común, así que lo importante es donde conectes el positivo. Aunque lo lógico e ideal es cada altavoz a su positivo y negativo. Si lo tenías en el izquierdo y has puesto el positivo en el izquierdo, creo que básicamente no has cambiado nada, pero dependerá de la tipología interna de ese amplificador, de ahí el cambio que has notado.
Hay amplificadores (más bien etapas de potencia) que, usando un conmutador, se puede puentear las salidas de altavoces estéreo y convertilo en mono y se suelen usar los polos positivos como conexión del único altavoz que se le conecta de esta manera, pero dudo mucho que eso se pueda hacer con ese amplificador.
Por lo que cuentas, salvo que tu subwofer tenga doble bobina y, por tanto, doble bornera de conexión, no lo conectaría a un solo canal de ese amplificador, y menos sin asegurarme que la impedancia mínima de ambos altavoces conectados es compatible con la salida que ofrece el amplificador.
Lo ideal sería ponerle un pequeño amplificador a ese subwofer. O buscarte otro subwoofer idéntico o de la misma impedancia (y sensibilidad) que el que tienes y comprobar que el ampli puede con ellos.