El Acuerdo concordatario citado es un tratado internacional, tal y como ha afirmado la doctrina del Tribunal Constitucional y en virtud de los artículos 95.1 y 96.1 de la Constitución, sus normas, incorporadas al ordenamiento jurídico español, no pueden ser modificadas unilateralmente por leyes internas, estatales o autonómicas.
El Código de Derecho Canónico vigente dice, de modo aún más amplio, que la autoridad eclesiástica ejerce libremente sus poderes y funciones en los lugares sagrados (can. 1213). Y el artículo XXII. 3 del Concordato de 1953, antecedente del vigente artículo 1.5 del Acuerdo concordatario de 1979, disponía expresamente que los agentes del Estado no podían penetrar en los lugares sagrados sin autorización de la autoridad eclesiástica. Lo anterior indica que el inciso del artículo 1.5 del Acuerdo concordatario de 1979, según el cual la inviolabilidad de los lugares de culto está garantizada «con arreglo a las Leyes», no puede ni debe permitir que una norma estatal con fuerza de ley, como pueda serlo, entre otras, un decreto-ley, modifique lo que la inviolabilidad significa como inmunidad frente al poder estatal, negándola total o parcialmente.
La Abadía del Valle de los Caídos es un monasterio autónomo por ser una casa religiosa de monjes bajo el régimen y el cuidado del superior propio, sin que sus constituciones determinen otra cosa (can. 613 §1 del Código de Derecho Canónico vigente). En efecto, la condición jurídica de los benedictinos (monjes que habitan la Abadía y para quienes se instituyó), que no constituyen una orden religiosa, tiene por consecuencia que la Abadía esté bajo el régimen y cuidado de su superior propio, y no de otra autoridad eclesiástica superior (el obispo diocesano, según el Canon 615) que únicamente disfruta de una facultad de vigilancia para velar por el cumplimiento por el prior administrador de las normas canónicas y de las concordatarias. Por consiguiente, la única autoridad que tiene potestad canónica y consiguiente potestad reconocida por el Acuerdo concordatario de 1979 y el Derecho español para autorizar la entrada de cualesquiera agentes del Estado, gubernativos o judiciales, en la Basílica del Valle de los Caídos es el superior mayor de la Abadía, hoy el prior administrador.
