Hay dos obras que han sido muy estudiadas en sentido esotérico, matemático y numerológico: las Variaciones Goldberg y la Ofrenda Musical al emperador Federico II el Grande. Ambas de su última época. Esto no impide que hubiera ya juegos y referencias de todo tipo a los largo de toda su obra desde su juventud.
Respecto a la Ofrenda Musical le recomiendo el libro Gödel Escher y Bach, donde habla de los juegos matemáticos contenidos en la obra de manera sencilla y didáctica.
Las Goldberg hay algún libro en inglés pero no recuerdo al referencia concreta, ya sería otro cantar.
Extenderme por escrito sería tedioso. Sostengo que hay que volver a la tradición oral para ciertas cosas.
Respecto a lo último que dice, sabemos por la biografía de Forkel que cuando se reunía la familia Bach (por cierto todos los parientes, primos etc. eran músicos) eran bastante bromistas y divertidos, cantaban y se parodiaban entre ellos etc. Así que sí, una referencia procaz o humorística en una pieza es perfectamente posible, como el famoso Quodlibet que cierra la Goldberg.