⚡⚡(HILO OFICIAL) : CRISIS DEL cobi19 ☣SARS-CoV2☣ (II)

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el «Havoc» es distribuido por los «corredores» a los
destinos previamente establecidos...
El Havoc existe pero no es un bichito, es una herramienta bioinformática

HAVoC, una tubería bioinformática para el ensamblaje de consenso basado en referencias y la asignación de linaje para secuencias de SARS-CoV-2
Resumen
Antecedentes: la investigación relacionada con el SARS-CoV-2 ha aumentado en importancia en todo el mundo desde diciembre de 2019. Han surgido varias variantes nuevas del SARS-CoV-2 a nivel mundial, de las cuales las más notables y preocupantes actualmente son la variante B.1.1.7 del Reino Unido, la Variante sudafricana B1.351 y variante brasileña P.1. Detectar y monitorear variantes nuevas es esencial en la vigilancia del SARS-CoV-2. Si bien existen varias herramientas para ensamblar genomas de bichito y realizar análisis de linaje para investigar el SARS-CoV-2, cada una se limita a realizar una o varias funciones por separado.

Resultados: debido a la falta de tuberías disponibles públicamente, que podrían realizar ensamblajes rápidos basados en referencias en secuencias sin procesar de SARS-CoV-2 además de identificar linajes para detectar variantes de interés, hemos desarrollado una tubería bioinformática de código abierto llamada HAVoC (Helsinki Analizador universitario de variantes de interés). HAVoC puede hacer referencia a las lecturas de secuencias sin procesar de ensamblar y asignar los linajes correspondientes a las secuencias de SARS-CoV-2.

Conclusiones: HAVoC es una tubería que utiliza varias herramientas bioinformáticas para realizar múltiples análisis necesarios para investigar la variación genética entre muestras de SARS-CoV-2. La tubería es particularmente útil para aquellos que necesitan una herramienta más accesible y rápida para detectar y monitorear la propagación de las variantes preocupantes del SARS-CoV-2 durante los brotes locales. HAVoC se utiliza actualmente en Finlandia para controlar la propagación de las variantes del SARS-CoV-2. El manual de usuario y el código fuente de HAVoC están disponibles en HaVoC | University of Helsinki y Bitbucket, respectivamente.


 
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