Las armas las contrabandeaban desde Guatemala precisamente por el bloqueo naval, además de que, pese a lo que se cree, la lucha armada no terminó en septiembre de 1847 con la caída de la ciudad, sino hasta octubre, y pudo haberse prolongado más si Santa Anna hubiera seguido luchando, ya que gracias a él la guerra no acabó en 1846, sino que se prolongó un año más, algo que Polk no quería. También hubo guerrillas que se opusieron a la paz, como la encabezada por el español Celedonio Domeco de Jarauta y Mariano Paredes, quienes se levantaron en armas contra De la Peña, a quien llamaron traidor por firmar la paz. Más que armas faltó voluntad.