Sí, pero china tiene una particularidad que ningún otro país (ni siquiera eeuu o la india, por distintas razones, unos falta de población, otros falta de medios materiales) puede copiar: tienen un alto nivel de desarrollo en gran parte del país, junto con una población de 1300 a 1500 millones de habitantes. Para ellos, poner en cuarentena real y absoluta a 50 millones de personas es como hacerlo aquí con 2 millones, por ejemplo, una provincia como Sevilla o Málaga (ya, hacerlo con Madrid o barcelona sería muchísimo más complicado)
En cuanto al nivel de contagio... eso solo se puede calcular haciendo rt pcr y pruebas serológicas a gran parte de la población, y teniendo en cuenta la densidad de población de ciudades y provincias para dar distinto peso a las muestras de cada una.
Aquí tienes los datos oficiales de toda europa (incluido reino unido), para comparar, incluyendo las medidas tomadas para con la población https://cobi19-country-overviews.ecdc.europa.eu/ Mira la banda negra en las medidas tomadas (obligatoriedad de las mascaras en espacios públicos y transportes, para los que dicen que solo se hace en España)
Esa hipótesis puede falsarse o recibir un espaldarazo (que no validación total, por haber más cosas que mirar): depende de la mortalidad que se registre por neumonía y otras complicaciones respiratorias cuando salga el anuario de 2020, a finales de 2021.
Si la suma de sars cov 2, neumonías y otras enfermedades respiratorias es similar en 2020 a la de 2019 y 2018, sobre todo revisando bien por cohortes y por mes del año, sí, podría ser eso. Eso no quita que simplemente un bichito anterior hubiera sido sustituido por este, como ya pasó con la gripe, cuya mortalidad lleva años aumentando por encima de la variación de la población en cada tramo de edad, como puedes comprobar aquí, precisamente desde 2010, cuando se supone que se acabó la anterior "esa época en el 2020 de la que yo le hablo" Defunciones por causas (lista reducida) por sesso y grupos de edad(7947)
Lo que significaría, de ser así, es que, con suerte, si las muertes por el bichito son una gran parte del total y si tenemos un tratamiento que funcione o una o varias banderillas que lo hagan... que podríamos tener muchos miles de muertos menos al año. Eso sí, para el estado sería una frutada (más pensiones)
To investigate the possible aetiological agents associated with this disease, we collected bronchoalveolar lavage fluid (BALF) and performed deep meta-transcriptomic sequencing. The clinical specimen was handled in a biosafety level 3 laboratory at Shanghai Public Health Clinical Center. Total RNA was extracted from 200 μl of BALF and a meta-transcriptomic library was constructed for pair-end (150-bp reads) sequencing using an Illumina MiniSeq as previously described4,6,7,8. In total, we generated 56,565,928 sequence reads that were de novo-assembled and screened for potential aetiological agents. Of the 384,096 contigs assembled by Megahit9, the longest (30,474 nucleotides (nt)) had a high abundance and was closely related to a bat SARS-like cobi19 (CoV) isolate—bat SL-CoVZC45 (GenBank accession number MG772933)—that had previously been sampled in China, with a nucleotide identity of 89.1% (Supplementary Tables 1, 2). The genome sequence of this bichito, as well as its termini, were determined and confirmed by reverse-transcription PCR (RT–PCR)10 and 5′/3′ rapid amplification of cDNA ends (RACE), respectively. This bichito strain was designated as WH-Human 1 cobi19 (WHCV) (and has also been referred to as ‘2019-nCoV’) and its whole genome sequence (29,903 nt) has been assigned GenBank accession number MN908947.
No aislaron nada, hicieron un estudio metagenómico, y de esa "sopa genética" empezaron a secuenciar a saco, y de los millones de secuencias que obtuvieron se quedaron una de 30,474 nucleótidos que se parecía a un cobi19 de murciélago.
Después dice que la secuencia final del bichito (29,903 nucleótidos) la obtuvieron por PCR a partir de eso, y la publicaron. NI SIQUIERA EXPLICAN LOS DETALLES DEL SECUENCIAMIENTO POR PCR (RT-PCR) DE LA "SECUENCIA FINAL" DE 29,903 NUCLEÓTIDOS. Se limita a referenciar un documento del 2015.
NO DICE NADA DE AISLAMIENTO PREVIO DEL bichito, nada de nada de nada...
En este estudio, el original, el primigenio, del que parten los demás, no se aisló ningún bichito antes de proceder a secuenciarlo.
Ahí no explica cómo han aislado nada, simplemente dice que "han aislado un bichito de un paciente", pero nada más. Un brindis al sol. Nada de nada de nada...
Y ahora el procedimiento que se usa habitualmente desde hace varios años para definir a un bichito como aislado:
Science Magazine - 15 January 2016 - page24
Te lo lees, es sencillo, luego miras la página 226 con más atención y aprendes que AHORA lo que se hace es secuenciar el genoma junto con el cultivo a partir de inoculaciones preparadas.
FINALMENTE, DESPUÉS DE INNUMERABLES INSULTOS Y RODEOS, LO RECONOCE EL FORERO o FORERA: NO SE AISLÓ NINGUN bichito DEL CULTIVO, SE SECUENCIÓ TODO LO QUE HUBIERA EN EL CULTIVO.
Tenéis un concepto erróneo de lo que en el mundo científico se entiende comúnmente por "aislamiento"
(...)
Los científicos llaman comúnmente aislamiento de un bichito al cultivo de un bichito en un medio celular artificial para observar sus efectos citopáticos.
(...)
Por eso lo que ves en todos esos papers son fotos del cultivo celular. Ese es el aislamiento del bichito para observar efectos citopáticos.
OTRO QUE, DESPUÉS DE INNUMERABLES INSULTOS Y RODEOS, RECONOCE LA EVIDENCIA: QUE AHORA EN EL "MUNDO CIENTÍFICO" SE LE LLAMA "AISLAMIENTO" AL "NO-AISLAMIENTO" !!!
Vemos el procedimiento de los Koreanos cogen exudado de la faringe, lo.meten en medio de cultivo a temperatura. Lo inoculan en células Vero como medio de cultivo. Al cabo del tiempo a las células les pasan cosas, la cortan con un microtomo y la meten al microscopio electrónico. Ven unas bolitas extrañas con unas características. Como secuencian el ADN:
For whole genome sequencing of the bichito isolate (BetaCoV/Korea/SNU01/2020), culture supernatant of Vero cells infected was used for RNA extraction. RNA was extracted by using QIAamp viral RNA mini kit (QIAGEN, Valencia, CA, USA), according to the manufacturer's instructions. Ahí vemos el kit que usan.
Esta Magufa dice que hay que hacer centrifugación para homogenizar partículas por densidad (que es lo que se hace con eso).
El kit en cuestión en su web dice textualmente:
"Procedure
Optimized buffers and enzymes lyse samples, stabilize nucleic acids, and enhance selective DNA adsorption to the QIAamp membrane. Alcohol is added and lysates loaded onto the QIAamp spin column. Wash buffers are used to remove impurities and pure, ready-to-use DNA is then eluted in water or low-salt buffer.
No mechanical homogenization is necessary as the tissues are lysed enzymatically, and the convenient spin-column procedure means that hands-on preparation time is only 20 minutes (lysis times differ according to the sample source). Samples can be processed using either a microcentrifuge or, if blood or other body fluids are being processed, using the QIAvac 24 Plus or QIAvac 6S vacuum manifold. In addition, the rigorous lysis procedure employed makes the QIAamp DNA Mini Kit ideal for purification of genomic DNA from bacteria or parasites. To further reduce hands-on time, genomic DNA purification may be automated on the QIAcube.
Anda a mamarla soplapollas. Oda ya os ha puesto a caldo pero os hace falta más. Os creéis antes a esta que leer el artículo y entender lo que se ha hecho. Y el virólogo que se lo haga mirar que está algo desactualizado.
Dice textualmente: "For isolation of viral RNA from cell-free body fluids"
"The QIAamp Viral RNA Mini Kit simplifies purification of viral RNA from cell-free body fluids..."
El QIAamp Viral RNA Mini Kit no aisla RNA de ningún bichito separándolo de otros RNAs presentes en el cultivo. Lo que hace es purificar y separar el RNA de la muestra (todo el que haya) del resto de sustancias químicas (proteínas, lípidos...) presentes en el cultivo.
Y así pasa con las herramientas similares que son mencionadas en los papers que estamos viendo (Thermofisher MagMAX™ Viral RNA Isolation Kit, etc)
Evidentemente, en ese estudio, el primigenio, el original, no fué aislado NADA de NADA de NADA. Hasta tú mismo lo acabas de confirmar: se secuenció "lo que hubiera" en el cultivo, sin aislar NADA.
PERO VEAMOS OTROS ESTUDIOS "PRIMIGENIOS" QUE MENCIONAN LOS QUERIDOS CONFOREROS, Y OTROS QUE HE BUSCADO POR MI CUENTA. Voy a ir poniendo spoilers para mayor comodidad.
bichito isolation, cell infection, electron microscopy and neutralization assay
The amowing cell lines were used for bichito isolation in this study: Vero E6 and Huh7 cells...
Cultured cell monolayers were maintained in their respective medium...
Vero E6 cells were infected with the new bichito ...
Whenever commercial kits were used, the manufacturer’s instructions were amowed without modification.
RNA was extracted from 200 μl of samples with the High Pure Viral RNA kit (Roche).
RNA was eluted in 50 μl of elution buffer and used as the template for RT–PCR.
The bichito titers in culture supernatants of the five cases at 3 d p.i. were 4.6 × 106 to 6.8 × 107 median tissue culture infectious dose (TCID50) per mL (Table 1).
...
Next-generation sequencing (NGS) of case Wk-521 detected the nearly full-length genome sequence from SARS-CoV-2 with >99.9% homology (1, 2) (GISAID database ID EPI_ISL_408667).
Unexpectedly, the NGS data showed contaminated mycoplasma sequences (Mycoplasma hyorhinis and Mycoplasma arginini) from VeroE6/TMPRSS2 cells.
NADA DE AISLAMIENTO. NADA. LO MISMO, SECUENCIARON EL CULTIVO TAL CUAL ("culture supernatants"). PARA MÁS INRI, EL CULTIVO PRESENTABA CONTAMINACIÓN DE MYCOPLASMAS.
AISLAMIENTO CERO PATATERO.
Vero CCL-81 cells were used for isolation and initial passage. Vero E6, Vero CCL-81, HUH 7.0,
293T, A549, and EFKB3 cells were cultured in Dulbecco’s minimal essential medium (DMEM)
supplemented with heat inactivated fetal bovine serum (5 or 10%) and anti/anti antibiotic
(GIBCO). Both NP an OP swabs were used for bichito isolation. For the isolation, limiting
dilution, and passage 1 of the bichito, 50 µl serum free DMEM was pipetted into columns 2-12 of
a 96-well tissue culture plate. One-hundred µl clinical specimens were pipetted into column 1,
and then serially diluted 2-fold across the plate. Vero cells were trypsinized and resuspended in
DMEM + 10% FBS + 2X Penicillin-Streptomycin + 2X antibiotic – antimycotic + 2 X
amphotericin B at 2.5 x 105 cells / ml. One hundred µl of cell suspension were added directly to
the clinical specimen dilutions and mixed gently by pipetting. The inoculated cultures were
grown in a humidified 37°C incubator with 5% CO2 and observed for cytopathic effect (CPE)
daily. Standard plaque assays were used for SARS-CoV-2 based on both SARS-CoV and
MERS-CoV protocols (16, 17).
When CPE were observed, the cell monolayers were scraped with the back of a pipette tip. Fifty
µl of the viral lysate were used for total nucleic acid extraction for confirmatory testing and
sequencing. Fifty µl of bichito lysate was used to inoculate a well of a 90% confluent 24-well
plate.
For whole genome sequencing of the bichito isolate (BetaCoV/Korea/SNU01/2020), culture supernatant of Vero cells infected was used for RNA extraction.
RNA was extracted by using QIAamp viral RNA mini kit (QIAGEN, Valencia, CA, USA), according to the manufacturer's instructions.
NADA DE AISLAMIENTO. NADA. LO MISMO, SECUENCIARON EL CULTIVO TAL CUAL (culture supernatant). Aparece nuestro "amigo" el QIAamp viral RNA mini kit!!!!
Y es mentira que siguieran las instrucciones de los fabricantes (todos mienten en esto!)
RNA was extracted from clinical samples with a QIAamp viral RNA mini kit (QIAGEN, Hilden, Germany) amowing the manufacturer’s instructions
Using reverse transcriptase, cDNA was synthesized from RNA extracted from the cultured cell medium in which the bichito was replicated.
NADA DE AISLAMIENTO. NADA. LO MISMO, SECUENCIARON EL CULTIVO TAL CUAL (cultured cell medium). Aparece nuestro "amigo" el QIAamp viral RNA mini kit!!!!
Y es mentira que siguieran las instrucciones de los fabricantes (todos mienten en esto!)
From each well of cell culture plate, on the third post-infection day (PID-3) of passage-1 (P-1), 50 μl of supernatant was taken and tested for SARS-CoV-2 using real-time RT-PCR for E and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) (2) genes
...
Similar testing was repeated on the cell supernatant of passage-2(P-2) at PID-4 for observing viral copy number.
...
Next-generation sequencing was performed on SARS-CoV-2 positive clinical samples (100 μl) included in the study and the tissue culture fluid (50 μl) of bichito isolates at PID-3
Detection of SARS-CoV-2 in suspected samples:
The viral RNA was extracted from the TS sample using the Magmax RNA extraction kit (Applied Biosystems, USA) as per the manufacturer's instructions.
The extracted RNA was immediately used for testing the presence of SARS-CoV-2 using the real-time RT-PCR protocol published by the WHO
NGS of SARS-CoV-2 from India - Phylogenetic analysis and molecular characterization:
The total RNA of three positive TS specimens from Kerala, was extracted from 250-300 μl of the SARS-CoV-2 real-time RT-PCR positive samples.
QIAamp Viral RNA extraction kit (QIAGEN, Hilden, Germany) was used according to the manufacturer's instructions.
The extracted RNA was further quantified using a Qubit RNA High-Sensitivity kit (Invitrogen, USA).
RNA libraries were prepared as per the earlier-defined protocol and quantified using
NADA DE AISLAMIENTO. NADA. LO MISMO, SECUENCIARON EL CULTIVO TAL CUAL. Aparece de nuevo nuestro "amigo" el QIAamp viral RNA mini kit.
Y es mentira que siguieran las instrucciones de los fabricantes (todos mienten en esto!)
Y así, todos, uno tras otro... Podría seguir y seguir y seguir... son todos calcados unos a otros.
Lo que estamos viendo es que se ha hecho un uso masivo de la metogenómica y la NGS (Next Generation Sequencing). Pero la NGS tiene sus características propias, y sus limitaciones.
Los virólogos (o viromantes en muchos casos) no sólo no han hecho caso de las indicaciones de los fabricantes (como en el caso del QIAamp Viral RNA Mini Kit y del Thermofisher MagMAX™ Viral RNA Isolation Kit, no han aislado nada, han usado todo el cultivo)
sino que han introducido sesgos por todos lados en sus experimentos (como decía el forero @Ignusuario Norar) e incluso no han seguido las recomendaciones que mencionan otros compañeros suyos
seguidores de la NGS:
Sample preparation.
Theoretically, any type of sample can be analyzed using the metagenomic approach, including seawater [65], blood [66], horse feces [67], stool [20•, 68, 69, 70, 71], marine sediments [18], coral tissues [72, 73], and hot springs [74]. Because viral genomes are relatively short, bacterial or eukaryotic nucleic acids can severely interfere with the isolation and detection of viral DNA or RNA that typically represents only a small fraction. Thus, removal of non-viral nucleic acid is necessary [64••, 75].
La conclusión principal es que el bichito no ha sido aislado, incumpliendo no sólo esta parte de los postulados de Koch (el aislamiento) sino incumpliendo las recomendaciones acerca de la propia NGS.
Se han hecho auténticas magufadas en los laboratorios.
