Antes de ser elegido como fiscal de la CPI en febrero de 2021, Khan trabajó como consejero legal principal de la CPI y también se desempeñó como asesor legal en el Tribunal Penal Internacional para la ex Yugoslavia y el Tribunal Especial para Sierra Leona.
Khan ha trabajado en casos importantes en todo el mundo, incluido el caso contra Saif al-Islam Gaddafi, hijo del fallecido líder libio Muammar Gaddafi, así como en el caso de la destrucción de monumentos en Mali. Además, ha representado a víctimas en varios casos relacionados con crímenes de guerra y genocidio, y ha sido reconocido por su compromiso con la justicia internacional y los derechos humanos.