A raíz de la realización de un MBA a principios de la década de 1990, Cristina Garmendia se vincula a la actividad empresarial.
A partir de 1992 asume distintas responsabilidades en el área de desarrollo de negocio del Grupo Amasúa, grupo empresarial dedicado a la industria pesquera. Dentro de dicho grupo empresarial ocupó la vicepresidencia ejecutiva y la dirección financiera. En 2001 abandonó su cargo.
En el año 2000 fundó junto con a Carlos Martínez y Antonio Bernad, profesores del CSIC, la empresa Genetrix. Actualmente Genetrix se dedica al desarrollo de tecnologías biomédicas y medicamentos. Su importancia radica en que fue la primera empresa privada surgida a partir del trabajo de investigación realizado por el Centro Nacional de Biotecnología. Investigadores del Departamento de Inmunología y Oncología (DIO) de este centro unieron su experiencia investigadora a la iniciativa privada como forma de desarrollar los resultados de sus investigaciones.
En ese campo la labor de Cristina Garmendia fue pionera al sentar las bases de una industria de la biotecnología en España al trasladar el know-how de la investigación biomédica académica española al ámbito del mundo empresarial.
Garmendia ha ocupado los cargos de presidenta y consejera delegada de Genetrix. En paralelo, ha promovido otros proyectos empresariales como Cellerix, Biotherapix, Sensia, Imbiosis, Biobide, BioAlma y Coretherapix, que forman actualmente parte de la corporación Genetrix.
Desde marzo de 2005 Garmendia es la presidenta de la Asociación Española de Bioempresas (Asebio), agrupación de empresas del sector de la biotecnología. También es miembro de la junta directiva de la CEOE desde 2006. También es fundadora y presidenta de Inbiomed, fundación que alberga el primer banco de células madre adultas en España.
Por su espíritu emprendedor en el campo de la biotecnología y la biomedicina fue galardonada en 2006 con el premio "Fermin de la Sierra" de la EOI-Escuela de Negocios.
En enero de 2008 fue galardonada con el Tambor de Oro, máxima distinción de su ciudad natal, que premia a aquellos que contribuyen a la labor de promoción de la imagen de San Sebastián. Este premio vino a reconocer principalmente la labor de Garmendia en la creación de un polo de empresas de biotecnología en el Parque Tecnológico de San Sebastián y su trabajo en el ámbito de la innovación. Es miembro del Consejo Profesional de ESADE.