NTFS permite que el sistema operativo reconozca, y use, areas de almacenamiento mas grandes.
Un copia y pega que lo explica mejor:
El sistema FAT utiliza direcciones de clúster de 32 bits aunque debido a la utilidad Scandisk de Microsoft solamente 28 bits son funcionales para direccionar los ficheros y particiones. Es por es que el sistema FAT32 permite como máximo ficheros de 4 GB, un nombre de 255 caracteres como máximo y el número de archivos no puede superar los 268.173.300 (228 aprox.). Además, podremos tener un tamaño máximo de partición de 2 TB. Esto claramente es un impedimento para los tamaños de archivos que estamos manejando actualmente, que, en juegos, imágenes ISO y películas superan cómodamente los 30 GB.
Pasamos ahora a ver las características de NTFS. Con este sistema podremos asignar un tamaño mínimo de clúster de 512 bytes y es capaz de manejar direcciones de clúster de 32 bits, pero en este caso de forma completa. Es por eso que soporta ficheros de un tamaño máximo de 16 TB y un número máximo de ficheros de 4.294.967.295 (232-1), pudiéndole poner un nombre de hasta 255 caracteres, al igual que FAT32. Con la nueva actualización de este sistema de ficheros, podremos tener un tamaño máximo de volumen de hasta 16 EB (Exabytes) con un sistema de 64 bits. Si es de 32, podremos direccionar volúmenes de hasta 4TB. Otras características muy interesantes que implementa NTFS es la capacidad de asignación de permisos de acceso a un archivo para distintos usuarios, y además permite el cifrado de archivos para dotarlos de seguridad.
