Realmente, hay que ser poco listo para parar tu negocio 3h diarias... Y sí, hay modo de hacer backup sin parar el servidor, no jodamos. E incluso parar + copia + reiniciar nunca debería tardar 3h.
La base de datos se puede replicar (y hacer el backup de la réplica) e incluso hacer backup sin locks.
Los archivos se copian al vuelo con un rsync; si quieres, tras el rsync ya haces el backup en la copia.
Y si por un casual quieres reiniciar el servidor, jorobar, se reinicia en un minuto o poco mas. Con un server que tenga SSDs en RAID o al menos un buen RAID eso no es problema.
Pero jorobar, ¿varias horas? ¿Cada día?
Ésto se hunde por dejadez....