El primero es una fruta hez. Vamos a ver, lo primero es que el estudio se hizo con un único paciente
que presentaba síntomas de SARScOV-2 (los del catarro: tos, dolor de cabeza y fiebre). Cogen una muestra de fluido broncoalveolar y secuencian algo que no sabemos muy bien que es utilizando programas informáticos como el MIniSeq.
Total RNA was extracted from 200 μl of BALF and a meta-transcriptomic library was constructed for pair-end (150-bp reads) sequencing using an Illumina MiniSeq as previously described
4,
6,
7,
8. In total, we generated 56,565,928 sequence reads that were de novo-assembled and screened for potential aetiological agents. Of the 384,096 contigs assembled by Megahit
9, the longest (30,474 nucleotides (nt)) had a high abundance and was closely related to a bat SARS-like cobi19 (CoV) isolate—bat SL-CoVZC45 (GenBank accession number MG772933)—that had previously been sampled in China, with a nucleotide identity of 89.1% (Supplementary Tables
1,
2).
Cogen esa secuencia, te la endosan como un nuevo bichito y luego te dicen que fue confirmada por un test rt-PCR QUE ADEMÁS ÚNICAMENTE TRABAJA CON 200 NUCLEÓTIDOS DE UNA FULL SEQUENCE DEL "bichito" DE 29903 NUCLUEÓTIDOS
:
The genome sequence of this bichito, as well as its termini, were determined and confirmed by reverse-transcription PCR (RT–PCR)
10 and 5′/3′ rapid amplification of cDNA ends (RACE), respectively.
El segundo es todavía peor porque se dan el alarde de haber aislado el bichito cuando ni SIQUIERA HAY GRUPO DE CONTROL!!
Cogen los mendas a 7 pacientes con síntomas de catarro, les muestrean que todos comparten algo que ellos llaman bichito
Sin olvidar, las afirmaciones categóricas que realizan sin ningún tipo de referencia bibliográfica. Como cuatro chinos tenían síntomas de catarro, determinaron que eso debía sera un nuevo bichito y que debían secuenciarlo y publicarlo a toda prisa por todo el mundo:
The disease was determined to be caused by bichito-induced pneumonia by clinicians according to clinical symptoms and other criteria, including a rise in body temperature, decreases in the number of lymphocytes and white blood cells (although levels of the latter were sometimes normal), new pulmonary infiltrates on chest radiography and no obvious improvement after treatment with antibiotics for three days. It appears that most of the early cases had contact history with the original seafood market; however, the disease has now progressed to be transmitted by human-to-human contact.
Eso sí, no hay referencia bibliográfica alguna a esa afirmación.
Luego vuelven a la carga con la PCR como gold standard:
As a laboratory investigating CoV, we first used pan-CoV PCR primers to test these samples13, given that the outbreak occurred in winter and in a market—the same environment as SARS infections. We found five samples to be PCR-positive for CoVs. One sample (WIV04), collected from the bronchoalveolar lavage fluid (BALF), was analysed by metagenomics analysis using next-generation sequencing to identify potential aetiological agents. Of the 10,038,758 total reads—of which 1,582 total reads were retained after filtering of reads from the human genome—1,378 (87.1%) sequences matched the sequence of SARSr-CoV
Detectando 200 nucleótidos del SARS-COV1 a partir de una secuencia de más de 20 mil
. En base a la hez diana del PCR y haciendo uso de programas informáticos, construyen una secuencia totalmente arbitraria de algo que no saben ni que narices es:
By de novo assembly and targeted PCR, we obtained a 29,891-base-pair CoV genome that shared 79.6% sequence identity to SARS-CoV
¡Y lo peor de ambos es que EN NINGÚN MOMENTO HUBO GRUPO DE CONTROL, ES DECIR, NO SE PARTIÓ DE MUESTRAS ASÉPTICAS DE SUJETOS SANOS!
jorobar, que rigor de todo. Viva el método científico.
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Menos mal, alguien sensato, he he estado leyendo hace rato informes de MedrRxiv y he encontrado inconsistencias por todos lados. No soy científica, pero algo de sentido común me queda. Gracias por su post