No, no pueden. Los metodos criptograficos mas extendidos pueden romperse con el algoritmo de Shor, pero ya existen metodos que tambien son intratables para los ordenadores cuanticos (la comision europea ha creado un grupo de estudio hace poco para implementar un estandar) y de hecho la propia computacion cuantica permite crear cifrados irrompibles.
Las criptomonedas son estandares que pueden ser cambiados, y cuando el problema aparezca pasar a utilizar tecnicas post-cuanticas de forma transparente para el usuario con un simple update.
---------- Post added 17-nov-2017 at 02:26 ----------
Si los ordenadores cuánticos pudieran acabar con las cryptos es porque podrán explotar cualquier tipo de seguridad informática. En un escenario así, lo de las cryptomonedas sería casi anecdótico.
El 90%+ de la seguridad informatica actual se basa en que los ordenadores son horriblemente ineficientes resolviendo uno de tres problemas (uno es descomponer un numero en factores primos, por ejemplo), que son atacables por ordenadores cuanticos. Solo hay que cambiar el problema dificil por otro que tambien sea dificil para un ordenador cuantico, que son casi todos.