Reinfección con dos cepas distintas, estudio genómico, cepas recolectadas en marzo - abril de 2020 y cepas recolectadas en julio - agosto de 2020
MANUSCRITO ACEPTADO
Reinfección por el bichito-19 por una cepa filogenéticamente distinta del cobi19-2 del SARS confirmada por secuenciación del genoma completo
Resumen
Antecedentes
La inmunidad menguante ocurre en pacientes que se han recuperado de el bichito-19. Sin embargo, no está claro si se produce una verdadera reinfección.
Métodos
La secuenciación del genoma completo se realizó directamente en muestras respiratorias recolectadas durante dos episodios de el bichito-19 en un paciente. Se realizó un análisis comparativo del genoma para diferenciar la reinfección de la disemiente. Se analizaron los resultados de laboratorio, incluidos los valores de RT-PCR Ct e IgG de SARS-CoV-2 en suero.
Resultados
El segundo episodio de infección asintomática ocurrió 142 días después del primer episodio sintomático en un paciente aparentemente inmunocompetente. Durante el segundo episodio, hubo evidencia serológica de proteína C reactiva elevada y seroconversión de IgG de SARS-CoV-2. Los genomas virales del primer y segundo episodios pertenecen a diferentes clados / linajes. En comparación con los genomas virales en GISAID, el primer genoma del bichito tiene un codón de terminación en la posición 64 de orf8 que conduce a un truncamiento de 58 aminoácidos, y estaba estrechamente relacionado filogenéticamente con las cepas recolectadas en marzo / abril de 2020, mientras que el segundo genoma del bichito estaba muy cerca relacionados con cepas recolectadas en julio / agosto de 2020. Se encontraron otras diferencias de 23 nucleótidos y 13 aminoácidos ubicadas en 9 proteínas diferentes, incluidas las posiciones de los epítopos de células B y T, entre bichito del primer y segundo episodio.
Conclusiones
Los análisis epidemiológicos, clínicos, serológicos y genómicos confirmaron que el paciente tenía una reinfección en lugar de una diseminación viral persistente de la primera infección. Nuestros resultados sugieren que el SARS-CoV-2 puede continuar circulando entre las poblaciones humanas a pesar de la inmunidad colectiva debido a la infección natural o la vacunación. Más estudios de pacientes con reinfección arrojarán luz sobre correlatos protectores importantes para el diseño de banderillas.
el bichito-19 re-infection by a phylogenetically distinct SARS-cobi19-2 strain confirmed by whole genome sequencing