paconan
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Controlando el brote de SARS-CoV-2, información de secuencias genómicas completas a gran escala generadas en todo el mundo
Este artículo es una preimpresión y no ha sido certificado por revisión por pares
RESUMEN
Antecedentes El SARS-CoV-2 probablemente evolucionó a partir de un beta-cobi19 de murciélago y comenzó a infectar a los humanos en diciembre de 2019. Desde entonces, ha infectado rápidamente a personas de todo el mundo, con más de 3 millones de casos confirmados a fines de abril de 2020. Genoma temprano La secuenciación del bichito ha permitido el desarrollo de diagnósticos moleculares y el comienzo de la terapia y el desarrollo de banderillas. El análisis de las primeras secuencias mostró relativamente pocas presiones de selección evolutiva. Sin embargo, con la rápida expansión mundial en diversas poblaciones humanas, las variaciones genéticas significativas son cada vez más probables. Las limitaciones actuales en el movimiento social entre países también ofrecen la oportunidad de que estas variantes virales se conviertan en cepas distintas con implicaciones potenciales para diagnósticos, terapias y banderillas.
Métodos Utilizamos los archivos de secuenciación actuales (NCBI y GISAID) para investigar 5,349 genomas completos, buscando evidencia de diversificación de cepas y presión selectiva.
Resultados Utilizamos 3.958 SNP para construir un árbol filogenético de diversidad de SARS-CoV-2 y observamos una fuerte evidencia de la existencia de dos clados principales y seis subclados, distribuidos de manera desigual en todo el mundo. También notamos que la evolución convergente potencialmente ha ocurrido en varias ubicaciones en el genoma, mostrando presiones de selección, incluso en la glucoproteína espiga, donde notamos una mutación potencialmente crítica que podría afectar su unión al receptor ACE2. También informamos sobre mutaciones que podrían evitar que los diagnósticos moleculares actuales detecten algunos de los subclados.
Conclusiones El esfuerzo mundial de secuenciación del genoma completo está revelando el desafío de desarrollar herramientas de contención de SARS-CoV-2 adecuadas para todos y la necesidad de evaluar continuamente los datos para garantizar la precisión en las estimaciones de brotes.
Controlling the SARS-CoV-2 outbreak, insights from large scale whole genome sequences generated across the world
Este artículo es una preimpresión y no ha sido certificado por revisión por pares
RESUMEN
Antecedentes El SARS-CoV-2 probablemente evolucionó a partir de un beta-cobi19 de murciélago y comenzó a infectar a los humanos en diciembre de 2019. Desde entonces, ha infectado rápidamente a personas de todo el mundo, con más de 3 millones de casos confirmados a fines de abril de 2020. Genoma temprano La secuenciación del bichito ha permitido el desarrollo de diagnósticos moleculares y el comienzo de la terapia y el desarrollo de banderillas. El análisis de las primeras secuencias mostró relativamente pocas presiones de selección evolutiva. Sin embargo, con la rápida expansión mundial en diversas poblaciones humanas, las variaciones genéticas significativas son cada vez más probables. Las limitaciones actuales en el movimiento social entre países también ofrecen la oportunidad de que estas variantes virales se conviertan en cepas distintas con implicaciones potenciales para diagnósticos, terapias y banderillas.
Métodos Utilizamos los archivos de secuenciación actuales (NCBI y GISAID) para investigar 5,349 genomas completos, buscando evidencia de diversificación de cepas y presión selectiva.
Resultados Utilizamos 3.958 SNP para construir un árbol filogenético de diversidad de SARS-CoV-2 y observamos una fuerte evidencia de la existencia de dos clados principales y seis subclados, distribuidos de manera desigual en todo el mundo. También notamos que la evolución convergente potencialmente ha ocurrido en varias ubicaciones en el genoma, mostrando presiones de selección, incluso en la glucoproteína espiga, donde notamos una mutación potencialmente crítica que podría afectar su unión al receptor ACE2. También informamos sobre mutaciones que podrían evitar que los diagnósticos moleculares actuales detecten algunos de los subclados.
Conclusiones El esfuerzo mundial de secuenciación del genoma completo está revelando el desafío de desarrollar herramientas de contención de SARS-CoV-2 adecuadas para todos y la necesidad de evaluar continuamente los datos para garantizar la precisión en las estimaciones de brotes.
Controlling the SARS-CoV-2 outbreak, insights from large scale whole genome sequences generated across the world