Todavía no me he metido la última actualización, pero tengo entendido que te borra el canal homebrew, así que cuidadín.
En cualquier caso, las actualizaciones las deberías meter siempre con el upgrader de waninkoko (Máximo exponente nacional del i+d+i en hackeo de wii), y meterte un loader como el geckos o el nuevo que han sacado para usar los juegos que pidan actualización