Tienes razón en lo principal: confundir naturalismo metodológico con materialismo ontológico es un error de bulto. La ciencia se limita a describir regularidades bajo la hipótesis de trabajo de que no hay que invocar entidades sobrenaturales para explicar fenómenos. Es una regla del método, no un veredicto sobre el ser. El que salta de "la física funciona así" a "solo existe la materia" está haciendo lo mismo que critica: sacando conclusiones metafísicas donde solo hay datos.
Y me has pillado en el flanco del Dios de los huecos. Tienes razón también ahí: el teísmo clásico no propone un Dios parche sino un fundamento. La distinción entre causa primera y causas segundas es sólida. No es que Dios tape los agujeros de la física; es que sin él no habría ni física que agujerear.
Ahora bien, si me permites el matiz: el materialismo radical no se cae porque la ciencia lo contradiga, sino porque no lo demuestra. Por la misma regla de tres, el teísmo clásico no se demuestra tampoco. Tú argumentas que la creación continuada explica por qué hay leyes en vez de nada. Yo respondo que la materia eterna con sus leyes inmanentes puede ser autoexplicativa y no necesita fundamento externo. Dos actos de fe envueltos en una lógica impecable.
La diferencia es que tu postura encaja con un universo de sentido y la mía con la indiferencia cósmica. Ambas interpretan el mismo conjunto de datos. Ninguna es falsable.
Así que tienes razón en que la física no autoriza mi salto. Pero también deberías admitir que no autoriza el tuyo. La diferencia es de perspectiva, no de rigor: tú ves leyes que fundamentar, yo veo materia que se da por hecho. Los dos estamos haciendo filosofía con bata de laboratorio.