He verificado qué secuencias del genoma del SARS-CoV-2 se amplifican en los test RT-PCR y he comprobado que no corresponden con ninguna otra secuencia de ningún genoma conocido.
De hecho podéis realizar esta pequeña investigación vosotros mismos
Esta es la secuencia completa de primera cepa del SARS-CoV-2 aislada en Wuhan que se está usando como genoma de referencia
Severe acute respiratory syndrome cobi19 2 isolate Wuhan-Hu-1, co - Nucleotide - NCBI
cobi19 qPCR probes and primers • CUSTOM OLIGONUCLEOTIDES • MultiplexDX
https://www.baseclick.eu/wp-content/uploads/2020/05/BCC-19nCoV_User-Manual.pdf
Information for Laboratories about cobi19 (el bichito-19)
Estas son las secuencias objetivo del genoma del SARS-CoV-2 que se amplifican en los test (el "target", la parte del genoma del bichito que detecta el test, para entendernos). Tenéis que buscar en las "probes", la cadena entre FAM y BHQ1, por ejemplo: ACC CCG CAT TAC GTT TGG TGG ACC.
Esta es la cadena de nucléotidos del SARS-CoV-2 fabricada en laboratorio que hibrida (se acopla) con la hebra de ARN del bichito de la cual es commplementaria. Si no hibrida el probe (también tienen que hibridar los primers, que son específicos también) porque el bichito no está presente en la muestra, el resultado del test será negativo, si hay hibridación hab´ra positivo.
Hay varios métodos para detectar esa hibridación y verificar empíricamente la presencia del bichito y cuantificarlo (busca info sobre sondas Taqman, quizá el más usado)
He localizado la primera del CDC USA en el genoma
Ver archivo adjunto 392027
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La web del NCBI (National Center for Biotechnology Information) estadounidense ofrece una versión online de acceso libre y gratuito a una aplicación llamada Blast muy utilizada por científicos e investigadores de diversos campos relacionados con la genética. Permite buscar y comparar similitudes entre secuencias de ADN / ARN
Nucleotide BLAST: Search nucleotide databases using a nucleotide query
.
Lo que he hecho es buscar en Blast coincidencias de los 24 nucleótidos del SARS-CoV-2 ("ACC CCG CAT TAC GTT TGG TGG ACC", la primera del CDC USA) con cualquiera de los genomas de ARN / ADN de todos los microorganismos conocidos y todos los genomas conocidos (incluidos los humanos). He excluido de la búsqueda "SARS-CoV-2", porque si no encontrará las más de 5000 cepas que se han secuenciado del bicho.
Ver archivo adjunto 392057
Y el resultado es este:
Ver archivo adjunto 392061
A la derecha se puede ver el porcentaje de coincidencia ("Query cover", sería el porcentaje de la cadena coincidente contínuo y "per ident" deben estar al 100% para una coincidencia total de los 24 nucleótidos)
Como veis las únicas secuencias genómicas que coinciden 100% son las de varios de cobi19 de pangolin, otro de murciélago (Bat RATG13), un genoma de la rubeola (creo que sintético) y algunos constructos sintéticos de laboratorio de partes del SARS-CoV-2
El resto no coinciden 100%, de modo que no habrá hibridación de la sonda y el test no dará positivo
He buscado todas las de mi anterior post el resultado es el mismo: son específicas del SARS-CoV-2. Busca las probes N1 y N2 de ese link de Baseclick, el resultado debería ser el mismo.
La base de datos del Blast que ofrece el NCBI incluye TODOS los genomas conocidos
