Por favor podría indicar por que las argumentaciones del forero en base al estudio publicado sobre el supuesto aislamiento del cobi19 no son validas?
Por supuesto. Perdona pero tenía a este personaje en el congelador
Este el Jran Hanalisis de Alarkos
El primero es una fruta hez. Vamos a ver, lo primero es que el estudio se hizo con un único paciente
que presentaba síntomas de SARScOV-2 (los del catarro: tos, dolor de cabeza y fiebre). Cogen una muestra de fluido broncoalveolar y secuencian algo que no sabemos muy bien que es utilizando programas informáticos como el MIniSeq.
Total RNA was extracted from 200 μl of BALF and a meta-transcriptomic library was constructed for pair-end (150-bp reads) sequencing using an Illumina MiniSeq as previously described
4,
6,
7,
8. In total, we generated 56,565,928 sequence reads that were de novo-assembled and screened for potential aetiological agents. Of the 384,096 contigs assembled by Megahit
9, the longest (30,474 nucleotides (nt)) had a high abundance and was closely related to a bat SARS-like cobi19 (CoV) isolate—bat SL-CoVZC45 (GenBank accession number MG772933)—that had previously been sampled in China, with a nucleotide identity of 89.1% (Supplementary Tables
1,
2).
Cogen esa secuencia, te la endosan como un nuevo bichito y luego te dicen que fue confirmada por un test rt-PCR QUE ADEMÁS ÚNICAMENTE TRABAJA CON 200 NUCLEÓTIDOS DE UNA FULL SEQUENCE DEL "bichito" DE 29903 NUCLUEÓTIDOS
:
The genome sequence of this bichito, as well as its termini, were determined and confirmed by reverse-transcription PCR (RT–PCR)
10 and 5′/3′ rapid amplification of cDNA ends (RACE), respectively.
La discusión giraba en torno a este paper, donde descubren el SARS-CoV-2
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32015508/
Primero aclarar que lo que dice el puñetero magufo de que el paciente tenía síntomas de un simple catarro, es falso. El baboso ni lee el paper parece.
El paciente tenía neumonía bilateral bastante importante, no mejoraba a los tratamientos convencionales y por esas fechas ya había unas decenas (y creciendo día a día) de pacientes con neumonías chungas de etiología desconocida en Wuhan a los que les pasaba lo mismo. Como dice el paper, el paciente
dio negativo a todos los bichito respiratorios:
"Las investigaciones etiológicas preliminares excluyeron la presencia del bichito de la gripe, Chlamydia pneumoniae y Mycoplasma pneumoniae utilizando los equipos comerciales de detección de antígenos patógenos, lo que fue confirmado por la PCR. Otros patógenos respiratorios comunes, incluidos los adenovirus humanos, también dieron resultados negativos en la PCR cuantitativa (qPCR)"
El descubrimiento de la existencia del SARS-CoV-2 que describe el paper se realiza mediante una técnica que se llama metagenómica: "se define como el estudio del material genético, el cual es obtenido directamente de muestras ambientales". Puede ser agua de un lago o el lavado broncoalveolar del paciente de Wuhan, es este caso
https://es.wikipedia.org/wiki/Metagen%C3%B3mica
El magufo dice que "secuencian algo que no sabemos muy bien que es". Lo que hicieron fue
secuenciar todo el ARN/ADN presente en una muestra de fluido broncoalveolar (BALF) del arriba mencionado paciente de Wuhan, previa purificación y extracción del mismo utilizando el kit RNeasy Plus Universal Mini Kit de Qiagen, cuyo manual puedes descargar aquí:
RNeasy Plus Universal Handbook - QIAGEN
En el manual explican todo el procedimiento de centrifugación, homogenización, etc... que los magufos dicen que no se empleó, con la pretensión de argumentar que la muestra no fue purificada.
Después de haber extraído y prurificado el ARN, los investigadores utilizan la llamada secuenciación por escopeta ("shotgun sequencing") para secuenciar TODO el material genético presente en la muestra:
"La secuenciación por escopeta implica la división aleatoria de secuencias de ADN en montones de pequeños trozos y luego el reensamblado de la secuencia buscando regiones de superposición"
Puedes imaginar la secuenciación por escopeta como si trocearas las páginas de múltiples copias de un libro (que en este caso es un genoma), mezclaras todos los fragmentos y luego volvieras a ensamblar el texto original (genoma) encontrando fragmentos con texto que se superponen
https://www.yourgenome.org/facts/what-is-shotgun-sequencing
Los magufos como el estulto de
@Alarkos intentan desacreditar la secuenciación en general diciendo a los legos que todo se hace por ordenador (dando a entender al lego una falta de conexión con lo real) formando un "Frankenstein" desordenado que da lugar a resultados arbitrarios o muy imprecisos y no es así. Es cierto que en los estudios metagenómicos se utilizan máquinas (en este caso Illumina MiniSeq, que no es un programa informático como dice el magufo) pero
estas máquinas secuenciadoras lo que hacen es automatizar y optimizar procedimientos de secuenciación tradicionales muy laboriosos y que llevan mucho tiempo (busca info acerca del método de Sanger de los 70).
Estas máquinas SIEMPRE PARTEN DEL MATERIAL GENÉTICO FÍSICO QUE HAY EN LA MUESTRA,
que es leído utilizando procedimientos físico-químicos. Lo que hacen estas máquinas es extraer cientos de miles (o millones) de secuencias cortas de ADN/ARN monocatenario que se superponen.
El paper habla de 56.565.928 lecturas de secuencias cortas
y de 384,096 "contigs" o cóntigos que son las secuencias leídas que se superponen de modo que permiten la reconstrucción
https://es.wikipedia.org/wiki/C%C3%B3ntigo
Estos vídeos te explican de forma muy didáctica como funciona el método de Sanger que es el fundamento de la técnica que automatizan máquinas como el MiniSeq
https://www.youtube.com/watch?v=Jnk_4Maf5Fk
https://www.youtube.com/watch?v=ONGdehkB8jU
https://genotipia.com/sanger/
Y aquí cómo
ensamblan ese puzzle de decenas de miles de secuencias genéticas cortas superpuestas que ya han sido leídas (en este paso, como es lógico, ya sí usan programas de ordenador como Megahit y Trinity en este caso).
https://www.youtube.com/watch?v=5wvGapmA5zM
Este último vídeo ya es poco accesible para los legos pero quédate con los esquemas explicativos que ves en el min 3:20, 3:27 y 13:08. "Input" es el ARN (indiferenciado, no se sabe en ese momento qué es). Se hacen múltiples copias de esa larga cadena de ARN y estas copias se dividen en múltiples pequeños fragmentos que se superponen. Estas superposiciones son lo que permite la reconstrucción (la imagen del min 3:27 muestra a la perfección porqué no es un procedimiento aleatorio)
Aparte hay unas "guías" para completar el puzzle que permiten saber dónde empieza o dónde acaba un gen, por ejemplo los codones de inicio y de parada (ten en cuenta que se está leyendo TODO el material genético, sin diferenciar a qué corresponde)
https://es.wikipedia.org/wiki/Cod%C3%B3n_de_inicio
Cuando los investigadores finalizaron la recomposición de todo el material genético de la muestra vieron que un fragmento de él (unos 30.474 nucleótidos) tenían una similitud de un 89.1% con otros cobi19 de murciélago SL-CoVZC45 muy parecido al SARS-CoV-1.
Por esto tienen ya una fuerte evidencia desde ese momento de que ese fragmento pertenece a un nuevo bichito, que denominan provisionalmente WHCV. Hay un párrafo donde entran en cuestiones más técnicas del alineamiento las coincidencias en genes con otros bichito de la misma familia, etc. Esto ayuda, por ejemplo, a deducir dónde empieza y termina el genoma del bichito en el contínuo de material genético leído:
"El WHCV tiene secuencias terminales 5′ y 3′ que son típicas de los betacoronavirus, con 265 nt en el extremo terminal 5′ y 229 nt en el extremo terminal 3′"
Una vez conocen el genoma del nuevo bichito ya pueden diseñar un test RT-PCR para testear la muestra. Dio positivo.
El magufo de hez dice esto:
Cogen esa secuencia, te la endosan como un nuevo bichito y luego te dicen que fue confirmada por un test rt-PCR QUE ADEMÁS ÚNICAMENTE TRABAJA CON 200 NUCLEÓTIDOS DE UNA FULL SEQUENCE DEL "bichito" DE 29903 NUCLUEÓTIDOS
:
Lo dice porque no entiende la técnica PCR. De hecho las secuencias objetivo son aún más cortas, sumando primers y probes no llegan ni a 70-80 nucleótidos. Lo importante es que
esas secuencias de nucleótidos objetivo (un fragmento del ARN del bichito) de los test PCR son específicas del SARS-CoV-2. Eso hace que el test de positivo sólo al SARS-CoV-2 y no a otro bichito, bacteria o resto celular
Lo explico en este post
Los tests masivos mediante PCR y anticuerpos de el bichito son una engañifa. Os explico por qué.