El actual Estado Mexicano no tiene absolutamente nada que ver con las civilizaciones precolombinas que hubo en una pequeña parte de su territorio. Con lo que sí tiene una conexión directa es con el Virreinato de Nueva España (más allá de ciertos símbolos nacionales).
La civilización Maya se encontraba en franca decadencia ya cuando los españoles llegaron allí.
La civilización Azteca era una confederación de ciudades estado, que tenía totalmente subyugados a las tribus de la vecindad, que les odiaban a muerte, y apoyaron sin reservas a España en la conquista.
Obviamente, fue una conquista, y como en todas hubo violencia, muerte y violaciones. No obstante, de ahí a considerarlo un genocidio hay un trecho muy grande: A ningún rey de España le interesaba o hubiese interesado un exterminio deliberado de indígenas. Les interesaba tener población en sus territorios. La epidemia de viruela fue lo que realmente exterminó a gran escala a los indígenas. De esa epidemia los españoles eran responsables, pero no culpables, dado que eran totalmente ignorantes de que el sistema inmunológico de los nativos americanos no estaba preparado para las enfermedades euroasiáticas (de hecho, desconocían el concepto de sistema inmunológico).