GenEgoista
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Perfecto, pero te falta el pequeño detalle de que los alineamientos son "de consenso" y heurísticos, lo cual quiere decir que contienen errores arbitrarios.No se en que planeta vives. El genoma humano hace ya 10 años que se secuencio, y el transcriptoma mas de lo mismo.
Durante el alineamiento se agrupan objetos por similaridades, con un número de soluciones intratable computacionalmente y con decisiones "ad hoc" por parte del operador.
Del manual de Clustal:
General help for CLUSTAL X (2.0)
The UPGMA algorithm has been added to allow faster tree construction. The user now has the choice of using Neighbour Joining or UPGMA. The default is still NJ, but the user can change this by setting the clustering parameter.
The UPGMA algorithm has been added to allow faster tree construction. The user now has the choice of using Neighbour Joining or UPGMA. The default is still NJ, but the user can change this by setting the clustering parameter.
El biólogo decide a voleo el parámetro que le parece mejor en base a los resultados que está esperando obtener... si no le gusta lo que sale pues elige otro valor del parámetro de clustering/alineamiento a ver si ahora le sale lo quiere ver.
En otras palabas, un alineamiento con mas de 20 bases tiene tantas probabilidades de ser correcto como de ser falso, y ello convierte al "genoma humano consensuado" en una paja monumental de escaso valor práctico.
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