El servicio de salud inglés reconoce que sólo han "muerto" 1100 personas de COViD

Lonchix

Madmaxista
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Esta vez, las élites' han tenido exito (no como los anteriores ensayos, gripe aviar, sars, ébola..)
En la gripe A también tuvieron cierto exito. Rumsfeld vendió millones de "vacuna" que los estados se tuvieron que comer con patatas.

El problema es que ahora la cosa parece distinta, subyace un plan mucho más nefasto, según mi modesta opinión.

El objetivo ya no es el dinero.
 

Kategorie C

Madmaxista
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Me temo que te has equivocado completamente interpretando ese pantallazo.

Hay una serie de estructuras que se repiten en muchos virus, por eso se agrupan las proteínas en grupos que cumplen determinada función, y a esos grupos se le dan nombres genéricos. Hay proteínas de espiga (S), de membrana (M), de nucleocápside (N) y de envoltura (E). Esto no significa que en todos los virus esas proteínas sean iguales, sino que cumplen la misma función. No existe una proteína concreta E (ni S, ni M, ni N).

Cuando ese test dice que busca un target en el gen de la proteína E, no significa que exista una proteína determinada ("E") que sea común a todos los virus con proteína E, sino que es un nombre genérico para una proteína con una cierta función. Por lo tanto, que hayas visto otro test en el que dicen que se busca una parte de la proteína E que es genérica y compartida con el SARS-COV además de una específica del SARS-Cov-2, no significa que el test de Biopharm busque lo mismo que ese otro test.

Me imagino que el test de Biopharm es este: https://clinical.r-biopharm.com/wp-...5_ridagene_sars-cov-2_2020-06-17_en_final.pdf

Ahí se ve que su target es una secuencia específica de la proteina E del SARS-Cov-2, que no comparte con otro virus:


Y por eso no da reacción cruzada con el SARS:

The RIDAGENE SARS-CoV-2 real-time PCR test is specific for human SARS-CoV-2 from nasopharyngeal swab. Sequence matching using existing nucleotide databases (National Center for Biotechnology Information, NCBI) showed specificity for SARS-CoV-2 and no significant homology to other organisms. Various organisms were also tested. No cross-reactivities to the following species were found (see Table 10):

Ver archivo adjunto 379541

En el otro test que pusiste (y de donde llegaste a la conclusión de que el de Biopharm buscaba algo genérico a los sarbecovirus), además añadían un target específico del SARS-Cov-2, precisamente para evitar esa reacción cruzada.
Claro, entiendo que cada gen E que se busca es específico de cada rama (cepa) de sarbecovirus, y éste será diferente en su composición a otros gen E de otros sarbecovirus que tienen su propio historial de mutaciones y desarrollo.

Pero, si no lo he entendido mal, existe un alto grado de similaridad entre proteínas E de distintos sarbecovirus. En concreto, hablando del SARS-CoV-2, tiene valores de coincidencia en torno al 90% con:

Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3)
Bat coronavirus 279/2005 (BtCoV) (BtCoV/279/2005)
Human SARS coronavirus (SARS-CoV) (Severe acute respiratory syndrome coronavirus)
Bat coronavirus Rp3/2004 (BtCoV/Rp3/2004) (SARS-like coronavirus Rp3)
Bat coronavirus Cp/Yunnan2011
SARS coronavirus B039
Etc.
Etc.

E - Envelope small membrane protein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - E gene & protein

Por tanto, si un test, para determinar un positivo, busca la proteína E (gen E) del SARS-CoV-2, existe una posibilidad nada desdeñable de que encuentre coincidencias con SARS-CoV o HKU3 si te has comido un murciélago (es una exageracion, espero que se me entienda). No sé hasta que punto ese 10% de diferencia será definitorio, pero tratándose de un proceso de análisis bioquímico, es lógico que exista un cierto grado de error y de falta de especifidad.

Luego, tal y como indicas, se comprueban otras estructuras propias del CoV-2 (RdRP, S, ...), lo cual debería afinar al máximo el resultado. Hasta aquí todo correcto.

Pero finalmente, en el descargo de responsabilidades, se indica que...

A positive test result does not necessarily indicate the presence of viable organisms. A positive result indicates that the target gene (E gene) is present.

https://clinical.r-biopharm.com/wp-...dagene_sars-cov-2-ruo_en_2020-02-12_final.pdf

Entonces, ¿a santo de qué viene el paripé de buscar otras proteínas y estructuras (RdRP, S, N... las que sean), si finalmente el veredicto lo va a determinar la proteína E, la cual es un 90% idéntica a otros sarbecovirus, incluso 90% idéntica a sarbecovirus que no infectan a los seres humanos pero sí pueden estar presentes en cerdos, murciélagos, civetas o algunas aves?

Puedes aducir que ése es el problema de un solo producto/kit del mercado, la verdad es que todavía no he buscado a fondo si esta extraña aseveración aparece en otros prospectos, imagino que, por pura estadística, aparecerá en más. Pero... ¿no es significativo que un test validado y homologado para diagnósticos de emergencia por varias entidades (como poco, he visto sistemas de salud de UE y Méjico) afirme en su lista de consideraciones que solo recoge la presencia de la proteína E del SARS-CoV-2?

He ojeado un informe de utilización de este kit por parte de la Secretaría de Salud de Méjico, y la verdad es que no arroja mucha luz:
https://www.gob.mx/cms/uploads/atta...NE_SARS-CoV-2_RUO__QUADRIX__S.A._de_C.V._.pdf

En la sección de especifidad y reactividad cruzada (tabla 2) parece que "se han olvidado" de ensayar con muestras de SARS-CoV. ¿Cómo es que no prueban la especifidad con SARS-CoV? Estamos hablando de la "versión 2.0" del SARS, si dependiese de mí, creo que lo primero que haría sería determinar la especifidad con respecto a la "versión 1.0". ¿Por qué los científicos mejicanos no lo hacen?

Disculpa que sea tan pesado con el tema. Probablemente estaré profundamente equivocado, pero es que la validez, eficacia y especifidad de los test es un asunto que me tiene mosqueado.

Gracias por toda la información que has aportado.
 

Oda

Madmaxista
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En un lugar con muchos cerdos ibéricos, por suerte
Claro, entiendo que cada gen E que se busca es específico de cada rama (cepa) de sarbecovirus, y éste será diferente en su composición a otros gen E de otros sarbecovirus que tienen su propio historial de mutaciones y desarrollo.

Pero, si no lo he entendido mal, existe un alto grado de similaridad entre proteínas E de distintos sarbecovirus. En concreto, hablando del SARS-CoV-2, tiene valores de coincidencia en torno al 90% con:

Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3)
Bat coronavirus 279/2005 (BtCoV) (BtCoV/279/2005)
Human SARS coronavirus (SARS-CoV) (Severe acute respiratory syndrome coronavirus)
Bat coronavirus Rp3/2004 (BtCoV/Rp3/2004) (SARS-like coronavirus Rp3)
Bat coronavirus Cp/Yunnan2011
SARS coronavirus B039
Etc.
Etc.

E - Envelope small membrane protein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - E gene & protein

Por tanto, si un test, para determinar un positivo, busca la proteína E (gen E) del SARS-CoV-2, existe una posibilidad nada desdeñable de que encuentre coincidencias con SARS-CoV o HKU3 si te has comido un murciélago (es una exageracion, espero que se me entienda). No sé hasta que punto ese 10% de diferencia será definitorio, pero tratándose de un proceso de análisis bioquímico, es lógico que exista un cierto grado de error y de falta de especifidad.

Luego, tal y como indicas, se comprueban otras estructuras propias del CoV-2 (RdRP, S, ...), lo cual debería afinar al máximo el resultado. Hasta aquí todo correcto.

Pero finalmente, en el descargo de responsabilidades, se indica que...

A positive test result does not necessarily indicate the presence of viable organisms. A positive result indicates that the target gene (E gene) is present.
https://clinical.r-biopharm.com/wp-...dagene_sars-cov-2-ruo_en_2020-02-12_final.pdf

Entonces, ¿a santo de qué viene el paripé de buscar otras proteínas y estructuras (RdRP, S, N... las que sean), si finalmente el veredicto lo va a determinar la proteína E, la cual es un 90% idéntica a otros sarbecovirus, incluso 90% idéntica a sarbecovirus que no infectan a los seres humanos pero sí pueden estar presentes en cerdos, murciélagos, civetas o algunas aves?

Puedes aducir que ése es el problema de un solo producto/kit del mercado, la verdad es que todavía no he buscado a fondo si esta extraña aseveración aparece en otros prospectos, imagino que, por pura estadística, aparecerá en más. Pero... ¿no es significativo que un test validado y homologado para diagnósticos de emergencia por varias entidades (como poco, he visto sistemas de salud de UE y Méjico) afirme en su lista de consideraciones que solo recoge la presencia de la proteína E del SARS-CoV-2?

He ojeado un informe de utilización de este kit por parte de la Secretaría de Salud de Méjico, y la verdad es que no arroja mucha luz:
https://www.gob.mx/cms/uploads/atta...NE_SARS-CoV-2_RUO__QUADRIX__S.A._de_C.V._.pdf

En la sección de especifidad y reactividad cruzada (tabla 2) parece que "se han olvidado" de ensayar con muestras de SARS-CoV. ¿Cómo es que no prueban la especifidad con SARS-CoV? Estamos hablando de la "versión 2.0" del SARS, si dependiese de mí, creo que lo primero que haría sería determinar la especifidad con respecto a la "versión 1.0". ¿Por qué los científicos mejicanos no lo hacen?

Disculpa que sea tan pesado con el tema. Probablemente estaré profundamente equivocado, pero es que la validez, eficacia y especifidad de los test es un asunto que me tiene mosqueado.

Gracias por toda la información que has aportado.
Porque buscando otras cadenas te aseguras del coronavirus (o el virus que sea que busques) es el que está.

Es un procedimiento de triangulación, para buscar el símil con las matemáticas.
 

JohnDoe

Madmaxista
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Claro, entiendo que cada gen E que se busca es específico de cada rama (cepa) de sarbecovirus, y éste será diferente en su composición a otros gen E de otros sarbecovirus que tienen su propio historial de mutaciones y desarrollo.

Pero, si no lo he entendido mal, existe un alto grado de similaridad entre proteínas E de distintos sarbecovirus. En concreto, hablando del SARS-CoV-2, tiene valores de coincidencia en torno al 90% con:

Bat coronavirus HKU3 (BtCoV) (SARS-like coronavirus HKU3)
Bat coronavirus 279/2005 (BtCoV) (BtCoV/279/2005)
Human SARS coronavirus (SARS-CoV) (Severe acute respiratory syndrome coronavirus)
Bat coronavirus Rp3/2004 (BtCoV/Rp3/2004) (SARS-like coronavirus Rp3)
Bat coronavirus Cp/Yunnan2011
SARS coronavirus B039
Etc.
Etc.

E - Envelope small membrane protein - Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV) - E gene & protein

Por tanto, si un test, para determinar un positivo, busca la proteína E (gen E) del SARS-CoV-2, existe una posibilidad nada desdeñable de que encuentre coincidencias con SARS-CoV o HKU3 si te has comido un murciélago (es una exageracion, espero que se me entienda). No sé hasta que punto ese 10% de diferencia será definitorio, pero tratándose de un proceso de análisis bioquímico, es lógico que exista un cierto grado de error y de falta de especifidad.

Luego, tal y como indicas, se comprueban otras estructuras propias del CoV-2 (RdRP, S, ...), lo cual debería afinar al máximo el resultado. Hasta aquí todo correcto.
El test ese de Biophram no busca el material genético de TODA la proteína E del SARS-Cov-2, sino que busca una secuencia concreta DENTRO del genoma de la proteína E del SARS-Cov-2, que no está en la proteína E de ningún otro virus. Lo he puesto en mi anterior mensaje:

In the course of genome analyses, we were able to identify a region within the E gene which is highly specific to SARS-CoV-2 and which has high sensitivity for screening purposes. This region is located about 200 base pairs downstream of the non-specific region of the E gene of SARS-CoV-2 published by the WHO. In detecting this specific E gene region, we were thus able to reduce the detection of SARS-CoV-2 RNA to only one target.
Y en la prueba de reactividad cruzada (puedes ver el pantallazo y en el link al folleto en mi anterior mensaje) se observa como no da positivo ante el SARS-Cov, ni encuentran alineamientos con ningún virus en las bases de datos.

De todas formas, buscar el genoma de TODA la proteína E seguiría haciendo específico al test (porque esa proteína es única del SARS-Cov-2, aunque comparta material genético con la proteína E de otros virus). El problema es que cualquier mutación haría inservible el test. Por eso, sin ser ningún experto, me puedo imaginar que el objetivo es buscar la secuencia más pequeña posible que mantenga la especificidad del test.

El test que usaba un segundo target era otro que también pusiste, y lo hacía porque la PARTE del genoma de la proteína E que busca era otra distinta que sí que coincidía con la de otros sarbecovirus.

Pero finalmente, en el descargo de responsabilidades, se indica que...

A positive test result does not necessarily indicate the presence of viable organisms. A positive result indicates that the target gene (E gene) is present.
https://clinical.r-biopharm.com/wp-...dagene_sars-cov-2-ruo_en_2020-02-12_final.pdf

Entonces, ¿a santo de qué viene el paripé de buscar otras proteínas y estructuras (RdRP, S, N... las que sean), si finalmente el veredicto lo va a determinar la proteína E, la cual es un 90% idéntica a otros sarbecovirus, incluso 90% idéntica a sarbecovirus que no infectan a los seres humanos pero sí pueden estar presentes en cerdos, murciélagos, civetas o algunas aves?
Estás mezclando dos tests distintos. Ese test solo tiene UN target, que es un FRAGMENTO del genoma de la proteína E del SARS-Cov-2 que únicamente está presente en el SARS-Cov-2.

Puedes aducir que ése es el problema de un solo producto/kit del mercado, la verdad es que todavía no he buscado a fondo si esta extraña aseveración aparece en otros prospectos, imagino que, por pura estadística, aparecerá en más. Pero... ¿no es significativo que un test validado y homologado para diagnósticos de emergencia por varias entidades (como poco, he visto sistemas de salud de UE y Méjico) afirme en su lista de consideraciones que solo recoge la presencia de la proteína E del SARS-CoV-2?

He ojeado un informe de utilización de este kit por parte de la Secretaría de Salud de Méjico, y la verdad es que no arroja mucha luz:
https://www.gob.mx/cms/uploads/atta...NE_SARS-CoV-2_RUO__QUADRIX__S.A._de_C.V._.pdf

En la sección de especifidad y reactividad cruzada (tabla 2) parece que "se han olvidado" de ensayar con muestras de SARS-CoV. ¿Cómo es que no prueban la especifidad con SARS-CoV? Estamos hablando de la "versión 2.0" del SARS, si dependiese de mí, creo que lo primero que haría sería determinar la especifidad con respecto a la "versión 1.0". ¿Por qué los científicos mejicanos no lo hacen?

Disculpa que sea tan pesado con el tema. Probablemente estaré profundamente equivocado, pero es que la validez, eficacia y especifidad de los test es un asunto que me tiene mosqueado.

Gracias por toda la información que has aportado.
No sé si una vez aclarado que ese test del que has sacado la frase de "A positive test result does no..." tiene en realidad un solo target que es un fragmento de la proteína E del SARS-COV-2 y ninguno más, la frase te sigue pareciendo una "extraña aseveración" o no.

Si lo que te te parece extraño es lo de que "un positivo no implica que el virus esté intacto y sea capaz de reproducirse", pues eso es una consecuencia del propio funcionamiento de la prueba, que me parece que conoces. Lo que indica la prueba es que el fragmento de ARN que se busca está ahí, y nada más. Pero ese es el mejor indicador que tenemos de que una infección está activa y la persona puede ser contagiosa, porque tratar de cultivar el virus en todas y cada una de las personas sería inviable como forma de diagnóstico.

Sobre el pdf ese mexicano, pues me imagino que evaluando el test su interes primario era comprobar que no reacciona con otros virus que están actualmente en circulación en humanos (como otros coronavirus que provocan resfriados, rhinovirus, etc.). Por eso no habrán incluído virus de los que no se conocen casos en más de 15 años ni virus de los que no se conoce ningún caso en humanos. De todas formas en el folleto del test sí que se hace un análisis de reactividad cruzada con el SARS, y es negativo.

Pero como ya he dicho, incluso un test que tenga reactividad cruzada con el SARS o con algún virus animal que no existe en humanos (que no parece el caso de este test, ni el de muchísimos otros), no es por ello inutil. Los escenarios que planteas ("me acabo de comer un murciélago con ese virus y además da la enorme casualidad de que hay restos del RNA del virus en mis vías aereas superiores, y además esos restos coinciden con la pequeñísima secuencia que busca el test") son situaciones académicas, pero no es algo que pudiera provocar un problema digno de consideración de falsos positivos.

Incluso con una infección activa de SARS-Cov-2, y el virus reproduciéndose por millones en el organismo, en muchísimos casos no se encuentra en una muestra de las vías aereas superiores para una prueba PCR (hay papers al respecto, y esos falsos negativos son realmente el gran problema del método usado en este contexto, y no los falsos positivos). Así que imagínate en el escenario que planteas.
 

Kategorie C

Madmaxista
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Perfecto, me queda todo mucho más claro. Reconozco que estaba equivocado acerca del método que se sigue con la proteína E y que por tanto mis conclusiones son una filfa. Gracias por compartir esta información.
 
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