CSI ♕bicho y escenarios

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Divaga un ignorante de las cosas. Escama un poco ver como muchos que se reían de la mascarilla (la hemeroteca está llena de ejemplos, por ejemplo desde La Sexta) o que daban por hecho que lo que sucedía en China no iba a suceder aquí ("estamos en Occidente y esto es la gripe de toda la vida o lo que nos debe preocupar es la gripe de cada año" -médicos, políticos y periodistas-) ahora también son los mismos que sin lugar a dudas confían en la(s) vacuna(s): "vacúnate, te garantizamos que ni ahora, ni mañana ni dentro de 5 o 10 años padecerás ninguna consecuencia en tu organismo. El objetivo, ahora, es controlar la pandemia". ¿Lo pueden garantizar? No, pero nos lo garantizan. Su argumento parece consistente: un muerto por cada 7 millones de vacunados versus 70.000 infectados por cada siete millones de personas. Son sus cifras, claro, que esa es otra. Si las cosas se tuercen en el futuro, "dios" no lo quiera, ¿qué dirán? Algo se les ocurrirá, y sino siempre queda la opción de mirar hacia el suelo mientras juegan con los dedos de la mano (¿acaso hay algún "seiscientoseurista" entre ellos?). Es lo que tiene hacer de megafonistas de intereses X (nacionales e internacionales, partidistas y corporativos, de agendas e ingenierías de diversa índole) sin tener ni puta idea de lo que hablan. No digo que lo hagan con mala fe ni que formen parte de ninguna conspiración (conscientemente), pero al final participan de algo tan superior que ni ellos mismos saben donde están. Y ojo, esto no es un alegato antivacuna (tampoco lo descarto) sino un alegato en contra de vender una seguridad que no se puede demostrar. Su argumento: "no queda otra". Si todas las muertes contabilizadas como muerte por coronavirus lo fueron y lo son por coronavirus, ¿porqué todas las muertes post-vacunación no son consecuencia de la vacuna?

A todo eso se le suman las siguientes preguntas: ¿qué sucedió en China?, ¿qué es el nuevo coronavirus?, ¿de dónde viene?, ¿todas las personas fallecidas oficialmente por coronavirus han fallecido por coronavirus?, ¿se puede garantizar que las "vacunas" (las "clásicas" y las "génicas") son seguras, eficaces y necesarias?, ¿qué se pretende con una vacunación masiva?, ¿existen datos, motivos, planes, etc. que desconocemos?

A todo eso se le suman otros contextos. Cito cuatro ideas: biopolítica, tecnología biopolítica, gobernanza algorítmica, IA, nanotecnología y la madre que nos parió.

 
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Hilo de Yuri Deigin en Twitter (retuiteado por la periodista búlgara Dilyana Gaytandzhieva, a la cual hemos hecho referencia en este hilo).




Dos referencias sobre Deigin.

Un artículo firmado por Deigin.
22.04.2020

Lab-made? CoV2 genealogy through the lens of gain-of-function research
Lab-Made? SARS-CoV-2 Genealogy Through the Lens of Gain-of-Function Research
 

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Hostias, ese es el argumento de una peli que me encanta, Hijos de los hombres, de Alfonso Cuarón. La historia se sitúa en Londres de 2027, en una sociedad en descomposición (anarquía, militarismo y fascismo) en la cual las mujeres han dejado de ser fértiles.





Deigin aporta datos interesantes en el artículo titulado Lab-Made? SARS-CoV-2 Genealogy Through the Lens of Gain-of-Function Research. Una nota personal. Por razones de salud he acudido al médico en varias ocasiones durante el último año y el doctor que me lleva me hizo un comentario misterioso hace apenas un par de meses. Comentándome sobre mis analíticas me dijo que no se detectaban virus y en referencia al coronabicho me dijo literalmente: bueno, este virus va por libre. Me pareció curioso.
 
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Me gustaria recordar aqui el concienzudo estudio que hicieron los virologos de la Universidad de Bonn sobre los contagios tras el carnaval en Heinsberg, casi un año despues de su publicacion, ya que estos doce meses les han ido dando tozudamente la razon. Por resumir, las conclusiones del estudio publicado en MAYO DE 2020 son las siguientes:

-Tasas de mortalidad (IFR) cercanas al 0.4%. Curiosamente muy parecidas a lo que dijo Trump de mortalidades casi 5 veces la de la gripe

-Transmision via aerosoles, cuestionando la eficiencia de lavarse compulsivamente las manos como nos conminaban a hacer las estrellas de la Sexta o llevar una mascara paco de tela

-Un numero considerable de enfermos asintomaticos, alrededor del 20%

-Eventos masivos como los grandes transmisores del bicho. Recordamos las manifas del 8-M? Vox en Vistaalegre? Los partidos de Champions con equipos italianos e ingleses? Segun los medios, no tuvieron nada que ver. La culpa fue de reuniones familiares y bares abiertos. Circulen.

Como nota curiosa, los autores del estudio han sido cuestionadisimos desde los medios de comunicacion teutones, a pesar de haber acertado en asuntos clave.
 

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Traducción paco-Google del artículo citado de Yuri Deigin. A pesar de mi ignorancia el artículo me parece muy interesante. Es un artículo extenso. La putada es que Burbuja, además de reducir los caracteres máximos de un mensaje (eso viene desde la "gran migración"), ahora tampoco permite mensajes con más de 5 imágenes. Un artículo como este requiere por lo menos 20 o 30 mensajes. En fin.

22.04.2020

Lab-made? CoV2 genealogy through the lens of gain-of-function research
Lab-Made? SARS-CoV-2 Genealogy Through the Lens of Gain-of-Function Research

¿Hecho en laboratorio?
Genealogía del SARS-CoV-2 a través de la lente de la investigación de ganancia de función



Si escucha a alguien decir "sabemos que el virus no proviene de un laboratorio", no lo compre, es probable que haya sido así. Los laboratorios de todo el mundo han estado creando virus sintéticos como CoV2 durante años. Y no, su genoma no necesariamente contendría características de manipulación humana. Las modernas herramientas de ingeniería genética permiten cortar y pegar fragmentos genómicos sin dejar rastro. También se puede hacer rápidamente. Un equipo suizo tardó menos de un mes en crear un clon sintético de CoV2 (Rapid reconstruction of SARS-CoV-2 using a synthetic genomics platform).

Cómo aprendí a empezar a preocuparme

Oh vamos, ¿hecho en laboratorio? ¡Disparates!. En enero, esa fue mi reacción instintiva cuando las ideas de que el Covid-19 ha sido causado por una fuga de laboratorio acababan de surgir. ¿Bioarma? Bueno, eso es solo territorio de locos de la la "tierra plana". Por lo tanto, cada vez que escuché algo sobre los orígenes no naturales del SARS-CoV-2, lo descarté bajo sentimientos similares. Entonces, ¿qué pasa si hay un instituto de virología en Wuhan? Quién sabe cuántos de ellos se esparcen por toda China.

En algún momento, se hizo necesario dejar de lado tales teorías de una manera fundamentada, ya que sus defensores comenzaron a respaldar sus tesis sobre la posible naturaleza artificial del virus con argumentos de biología molecular, y al involucrarlos en el debate, quise discutir y aplastar sus teorías de la conspiración con hechos científicos fríos y duros, como la revista Nature (o eso pensé) (The proximal origin of SARS-CoV-2).

Entonces, en busca de argumentos en contra de la fabricación del virus en el laboratorio, me infecté con el virus de la duda. ¿Cuál fue el origen de mis dudas? El hecho de que cuanto más se sumerja en las actividades de investigación de los coronavirólogos durante los últimos 15 a 20 años, más se dará cuenta de que la creación de quimeras como CoV2 era algo común en sus laboratorios. Y CoV2 es una quimera obvia (aunque no necesariamente hecha en laboratorio), que se basa en la cepa ancestral de murciélago RaTG13, en la que el motivo de unión al receptor (RBM) en su proteína de pico es reemplazado por el RBM de una cepa de pangolín, y además, se inserta un tramo pequeño pero muy especial de 4 aminoácidos, lo que crea un sitio de escisión de furina que, como han establecido previamente los virólogos, expande significativamente el "repertorio" del virus en términos de cuyas células puede penetrar. Lo más probable es que fue gracias a este nuevo sitio furin que el nuevo mutante logró saltar especies de su anfitrión original a los humanos.

De hecho, los virólogos, incluido el líder de la investigación del coronavirus en el Wuhan Institute of Virology, Shi Zhengli (Shi Zhengli - Wikipedia), han hecho muchas cosas similares en el pasado, reemplazando el RBM en un tipo de virus por un RBM de otro o agregando un nuevo sitio furin que puede proporcionar a un coronavirus específico de especie la capacidad de comenzar a usar el mismo receptor (por ejemplo, ACE2) en otras especies. De hecho, el grupo de Shi Zhengli estaba creando construcciones quiméricas desde 2007 (Difference in Receptor Usage between Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus and SARS-Like Coronavirus of Bat Origin) y tan recientemente como 2017 (Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus), cuando crearon un total de 8 nuevos coronavirus quiméricos con varios RBM. En 2019, dicho trabajo estaba en pleno apogeo, ya que WIV fue parte de una subvención del NIH [National Institutes of Health] por valor de 3,7 millones de dólares titulada Risk of Bat Coronavirus Emergence (Comprensión del riesgo de la aparición del coronavirus de murciélago) (RePORT 〉 RePORTER). Bajo sus auspicios, Shi Zhengli fue coautora de un artículo de 2019 (Origin and evolution of pathogenic coronaviruses) que pedía continuar la investigación de virus sintéticos y probarlos in vitro e in vivo:

Actualmente, no hay tratamientos clínicos ni estrategias de prevención disponibles para ningún coronavirus humano. Dados los RBD conservados del SARS-CoV y el SARSr-CoV del murciélago, algunas estrategias anti-SARS-CoV en desarrollo, como los anticuerpos anti-RBD o las vacunas basadas en RBD, deben probarse contra el SARSr-CoV del murciélago. Estudios recientes demostraron que las estrategias anti-SARS-CoV funcionaron solo contra WIV1 y no contra SHC014. Además, hay poca información disponible sobre las cepas relacionadas con HKU3 que tienen una distribución geográfica mucho más amplia y presentan truncamientos en su RBD. De manera similar, los anticuerpos anti-S contra MERS-CoV no podrían proteger de la infección con un pseudovirus que lleva el murciélago MERSr-CoV S. Además, se sabe poco acerca de la replicación y patogénesis de estos virus de murciélago. Por tanto, el trabajo futuro debería centrarse en las propiedades biológicas de estos virus mediante el aislamiento del virus, la genética inversa y los ensayos de infección in vitro e in vivo. Los datos resultantes ayudarían a prevenir y controlar enfermedades emergentes similares al SARS o al MERS en el futuro.

Si la cita anterior puede parecer vaga en cuanto a lo que podría significar exactamente "usar genética inversa", la propia concesión del NIH lo explica:

Objetivo 3. Caracterización in vitro e in vivo del riesgo de propagación del SARSr-CoV, junto con análisis espaciales y filogenéticos para identificar las regiones y los virus de interés para la salud pública. Utilizaremos los datos de la secuencia de la proteína S, la tecnología de clones infecciosos, los experimentos de infección in vitro e in vivo y el análisis de la unión del receptor para probar la hipótesis de que los umbrales del % de divergencia en las secuencias de la proteína S predicen el potencial de desbordamiento.

"Tecnología de clones infecciosos" significa la creación de clones virales sintéticos vivos. Teniendo en cuenta los niveles de facilidad de uso y automatización que han alcanzado las herramientas de ingeniería genética, crear un CoV2 sintético a través de la metodología anterior estaría al alcance incluso de un estudiante de posgrado.

Pero antes de profundizar en los orígenes de CoV2, primero hagamos una inmersión rápida en su biología.

Biología

Bien, comencemos por lo básico. ¿Qué es un sitio furin, un RBM o una proteína de pico? Tenga paciencia conmigo: una vez que te adentras en la jungla de la terminología, conceptualmente, todo es bastante sencillo. Por ejemplo, las proteínas de punta son esas cosas rojas que sobresalen de una partícula de virus, la razón por la cual estos virus se "coronaron":




Es con la ayuda de estas proteínas que el virión se adhiere al receptor de la célula víctima (ACE2 en nuestro caso) para luego penetrar en su interior. Por lo tanto, es una parte de vital importancia del virus, ya que sin entrar en una célula, los virus no pueden replicarse. La proteína de pico también determina qué animales puede o no infectar el virus, ya que los receptores ACE2 (u otros objetivos para otros virus) en diferentes especies pueden diferir en estructura. Al mismo tiempo, de todo el genoma de 30 kilobase (bastante grande para los estándares virales), el gen de esta proteína representa solo el 12-13%. Entonces, la proteína de pico tiene solo unos 1300 aminoácidos de longitud. A continuación se muestra cómo se estructura la proteína spike (S) en CoV2 y parientes cercanos:




Como puede verse en la figura anterior, la proteína S consta de dos subunidades: S1 y S2. Es S1 el que interactúa con el receptor ACE2, y el lugar donde S1 lo hace se llama Receptor Binding Domain (RBD), mientras que el área de contacto directo, el lugar santísimo, se llama Receptor Binding Motif (RBM). Aquí hay una hermosa ilustración de una obra igualmente hermosa (Crystal structure of the 2019-nCoV spike receptor-binding domain bound with the ACE2 receptor):

Estructura general de 2019-nCoV RBD vinculado con ACE2. (a) Topología general del monómero de pico de 2019-nCoV. NTD, dominio N-terminal. RBD, dominio de unión al receptor. RBM, motivo de unión al receptor. SD1, subdominio 1. SD2, subdominio 2. FP, péptido de fusión. HR1, repetición de heptada 1. HR2, repetición de heptada 2. TM, región transmembrana. IC, dominio intracelular. (b) Secuencia y estructuras secundarias de 2019-nCoV RBD. El RBM es de color rojo. © Estructura general de 2019-nCoV RBD vinculado con ACE2. ACE2 es de color verde. El núcleo de 2019-nCoV RBD es de color cian y RBM es de color rojo. Los enlaces disulfuro en el RBD 2019-nCoV se muestran como barras y se indican con flechas amarillas. La hélice N-terminal de ACE2 responsable de la unión está etiquetada.




Cuando el genoma de CoV2 se secuenció y se puso a disposición del público el 10 de enero de 2020 (Timeline of ECDC's response to COVID-19) fue un acertijo, ya que no se conocían cepas estrechamente relacionadas. Pero rápidamente, el 23 de enero, Shi Zhengli publicó un documento (Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin) que indicaba que CoV2 es un 96% idéntico a RaTG13, una cepa que su laboratorio había aislado previamente de los murciélagos de Yunnan en 2013. Sin embargo, fuera de su laboratorio, nadie sabía sobre esa cepa. Hasta enero de 2020.

Inmediatamente quedó claro que RaTG13 es especial. Eche un vistazo a la siguiente figura:




Este es un gráfico de similitud del genoma entre CoV2 y otras cepas conocidas. Cuanto más alta sea la curva, mayor será el porcentaje de nucleótidos coincidentes. Como puede ver, en la región del gen de la proteína pico (S) (entre los nucleótidos 22k y 25k), solo RaTG13 está más o menos cerca de CoV2, mientras que todas las demás cepas se sumergen en profundidad en este punto, tanto las cepas de otros murciélagos como el primer SARS-CoV (curva roja). Esto en sí mismo está lejos de ser sospechoso: ¿quién sabe cuántas cepas desconocidas similares al SARS acechan en las cuevas de murciélagos de Yunnan? Ok, tal vez no esté muy claro cómo exactamente el virus podría llegar desde allí a Wuhan, pero bueno, con esos mercados húmedos nunca se sabe.
 
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Continuación (II).

22.04.2020

Escribe Yuri Deigin.

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Genealogía del SARS-CoV-2 a través de la lente de la investigación de ganancia de función
Pangolines

A continuación, aparecieron los pangolines. En febrero, otro grupo de científicos chinos descubrió una cepa peculiar del coronavirus de un pangolín en su poder (Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins) que, si bien en general es solo un 90% similar al CoV2, en la región de RBM era casi idéntico a él, con solo una diferencia de aminoácidos (vea las dos secuencias superiores, los puntos indican una coincidencia con la secuencia superior):




Sorprendentemente, en el primer cuarto de la proteína S, la cepa de pangolín es muy diferente de CoV2, pero después de la RBM las tres cepas (CoV2, Pangolin, RaTG13) muestran un alto grado de similitud compartida. Lo más sorprendente es que el RBM de RaTG13 en sí mismo es bastante diferente al de CoV2, que se puede ver en la caída pronunciada del gráfico verde de RaTG13 en comparación con el gráfico rojo de CoV2 en la región de RBM (franja rosa), en el siguiente gráfico:




Esta observación es confirmada por el análisis filogenético de las tres áreas resaltadas en el gráfico anterior: en el RBM, la cepa de pangolín está más cerca de CoV2 que RaTG13, pero es RaTG13 el que está más cerca de CoV2 a la izquierda y derecha de RBM. Entonces, hay una recombinación obvia, como concluyen los autores (y otros artículos).

¿Cómo obtuvieron los investigadores esos pangolines? Así:




Las aduanas chinas los confiscaron a los contrabandistas y los trasladaron a un centro de rehabilitación de animales en Guangdong, donde murieron mientras presentaban síntomas graves de coronavirus. Esto, por supuesto, debió haber llamado la atención de los virólogos locales, quienes tomaron varias muestras:

Los pangolines utilizados en el estudio fueron confiscados por la Aduana y el Departamento de Silvicultura de la provincia de Guangdong en marzo-diciembre de 2019. Incluyen cuatro pangolines chinos (Manis pentadactyla) y 25 pangolines malayos (Manis javanica). Estos animales fueron enviados al centro de rescate de vida silvestre, y en su mayoría estaban inactivos y sollozando, y finalmente murieron bajo custodia a pesar de los agotadores esfuerzos de rescate. Se tomaron muestras de tejido de pulmón, ganglios linfáticos, hígado, bazo, músculo, riñón y otros tejidos de pangolines que acababan de morir para exámenes histopatológicos y virológicos.​

Esos pangolines también atrajeron la atención de otros virólogos. Por ejemplo, un equipo en Hong Kong también recibió muestras de pangolines confiscados y, en febrero de 2020, también publicaron un documento que notó signos claros de recombinación en la proteína pico CoV2 (Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China):

Recibimos muestras de tejido congelado (pulmones, intestino, sangre) que se recolectaron de 18 pangolines malayos (Manis javanica) durante agosto de 2017-enero de 2018. Estos pangolines fueron obtenidos durante las operaciones de lucha contra el contrabando de la Aduana de Guangxi. Sorprendentemente, la secuenciación de alto rendimiento de su ARN reveló la presencia de coronavirus en seis (dos pulmones, dos intestinos, una mezcla pulmón-intestino, una sangre) de 43 muestras. Con los datos de lectura de la secuencia y al llenar los vacíos con la secuenciación de amplicones, pudimos obtener seis secuencias genómicas completas o casi completas, denominadas GX/P1E, GX/P2V, GX/P3B, GX/P4L, GX/P5E y GX/P5L: que pertenecen al linaje 2019-CoV2 (dentro del género Betacoronavirus) en un análisis filogenético (Figura 1a).​
...​
Sin embargo, más notable fue la observación de señales de recombinación putativas entre los coronavirus pangolines, los coronavirus de murciélago RaTG13 y el 2019-CoV2 humano (Figura 1c, d). En particular, 2019-CoV2 exhibe una similitud de secuencia muy alta con los coronavirus de pangolín de Guangdong en el dominio de unión al receptor (RBD; 97,4% de similitud de aminoácidos; indicado por la flecha roja en la Figura 1c y la Figura 2a), aunque está más estrechamente relacionado para batir el coronavirus RaTG13 en el resto del genoma viral. Bat CoV RaTG y el 2019-CoV2 humano tienen solo un 89,2% de similitud de aminoácidos en RBD. De hecho, los coronavirus de pangolín de Guangdong y 2019-CoV2 poseen aminoácidos idénticos en los cinco residuos críticos del RBD, mientras que RaTG13 solo comparte un aminoácido con 2019-CoV2 (residuo 442, numeración del SARS-CoV humano).​

Por cierto, los autores de este artículo también destacaron la alta mosaicidad filogenética de la proteína pico CoV2:

Curiosamente, un análisis filogenético de sitios sinónimos solos en el RBD reveló que la posición filogenética del pangolín de Guangdong es consistente con la del resto del genoma viral, en lugar de ser el pariente más cercano de 2019-CoV2 (Figura 2b). Por lo tanto, es posible que la similitud de aminoácidos entre el RBD de los coronavirus de pangolín de Guangdong y 2019-CoV2 se deba a una evolución convergente mediada selectivamente en lugar de a una recombinación, aunque es difícil elegir entre estos escenarios con los datos actuales.​

Traducido del lenguaje científico, lo que esto significa es que si analizamos el RBD completo de las tres cepas, ignorando las diferencias obvias (es decir, sustituciones no sinónimos) entre ellas, que se encuentran principalmente en el RBM (que, recordemos, es idéntico entre CoV2 y Pangolin), y construye un árbol filogenético para sustituciones sinónimos, CoV2 está aún más cerca de RaTG13 que de la cepa de pangolín. Lo cual es bastante extraño a la luz del hecho de que la cepa de pangolín y CoV2 tienen RBM idénticos (que son segmentos dentro de RBD).

Los autores continúan con la conjetura de que esto puede ser el resultado de una evolución convergente, en otras palabras, que CoV2 y la cepa de pangolín llegaron a poseer RBM idénticos cada uno a su manera, en lugar de a través de la recombinación entre ancestros comunes. Porque habría requerido un evento de recombinación bastante único, como si alguien cortara un segmento de RBM preciso de una cepa de pangolín y lo usara para reemplazar el RBM en RaTG13. ¡Habla de diseño inteligente!

Genealogía real

Para comprender mejor los orígenes de CoV2, echemos un vistazo a las secuencias de proteínas de pico de nuestra Unholy Trinity: CoV2, RaTG13 y MP789 (pangolin-2019). Comparemos las diferencias por pares entre ellos (los aminoácidos idénticos están marcados con puntos, las letras rojas indican diferencias y los guiones indican aminoácidos eliminados/insertados):




Las comparaciones ilustran lo que han señalado los artículos citados anteriormente: que en el primer trimestre de la secuencia, la cepa de pangolín está lejos de CoV2 y RaTG1, y si no fuera por la región RBM (rectángulo rojo), RaTG13 habría estado muy cerca a CoV2. Pero, como ya dije, el RBM en CoV2 es el más cercano al de la cepa de pangolín.

¿Qué pasa con otras cepas de pangolín? Hasta ahora solo hemos analizado la cepa MP789 aislada de pangolines confiscados por la aduana en 2019. Pero hubo otro lote de pangolines confiscados en 2017, y también tenían una cepa de coronavirus similar aislada. Comparemos esto con RaTG13 y MP789:




En el primer trimestre de la proteína S, las cepas de pangolín de 2017 están más cerca de RaTG13 (y CoV2) que su contraparte de pangolín de 2019 (MP789). Al mismo tiempo, los tres tienen un ancestro común reciente claro en las áreas marcadas por rectángulos verdes, y en estas áreas RaTG13 y pangolin-2019 (MP789) están más cerca entre sí que pangolin-2017, ya que tienen varias mutaciones comunes. (marcado por elipses rojas y azules), que están ausentes en pangolin-2017. Pero la GBR para los tres es diferente, y diferente en aproximadamente la misma proporción y en lugares similares.

Tal vez después de que los ancestros de RaTG13 y MP789 divergieran, el ancestro de MP789 reemplazó el primer cuarto de su proteína (lo que no ocurrió en RaTG13 o pangolin-2017), y el resto de la proteína siguió siendo común para las tres cepas. Más tarde, los caminos de los acervos genéticos RaTG13 y MP789 se cruzaron nuevamente y produjeron CoV2. También es posible que el ancestro de RaTG13 surgiera como resultado de la recombinación de cepas ancestrales de pangolines.
 
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También es interesante ver una mutación idéntica bastante única (QTQTNS) en RaTG13 y pangolin-2019 justo en frente del lugar donde CoV2 tiene un nuevo sitio de división de furina. Ese sitio furin, como mencioné, surgió a través de una inserción de 4 nuevos aminoácidos (PRRA). Si miramos la secuencia de nucleótidos alrededor de esta inserción, podemos ver que RaTG13 y CoV2 están más cerca entre sí en esa área que pangolin-2019, ya que poseen varias mutaciones comunes (resaltadas en azul):




Por cierto, Orf1ab también es un lío filogenético en CoV2: 1a está más cerca de RaTG13, pero 1b está más cerca de pangolin-2019:




¿Significa esto que el antepasado de CoV2 se cruzó con el antepasado común del pangolín-19 al menos dos veces? Primero, cuando (junto con un ancestro común de RaTG13) heredó Orf1ab y la segunda mitad de la proteína pico con la mutación QTQTNS, y segunda vez cuando adquirió 1b y RBM, que difieren de RaTG13. Todo esto es ciertamente posible en la naturaleza; después de todo, estos virus mutan y se recombinan constantemente. Otra pregunta es dónde es más probable que se encuentren exactamente los virus del murciélago y del pangolín en tales orgías: en cuevas de montaña, "mercados húmedos", refugios para animales confiscados o incluso en laboratorios. Pero dejemos esas preguntas a un lado por ahora. Primero, analicemos cuál es posiblemente el aspecto más llamativo del nuevo virus: una inserción de 4 aminoácidos que lo convirtió en un asesino nato.

Una introducción asesina

Es imposible ignorar la introducción de un inserto PRRA entre S1 y S2: sobresale como una astilla. Este inserto crea el sitio de división de furina (https://journals.physiology.org/doi/full/10.1152/physrev.00013.2020), que mencioné al principio. Déjame explicarte qué es un sitio furin. ¿Recuerda la estructura de nuestra proteína de pico? Aquí hay un diagrama detallado:




La proteína consta de dos partes, S1 y S2, de las cuales S1 es responsable del contacto primario con el receptor (recordemos Receptor Binding Domain/Motif), y S2 es responsable de la fusión con la membrana celular y la penetración en la célula. El proceso de fusión se inicia con el péptido de fusión marcado en amarillo, pero para que participe en su acto sucio, alguien debe cortar la proteína S en uno de los sitios marcados con diamantes en el diagrama de arriba. El virus no tiene sus propios "cortadores", por lo que depende de varias proteasas de sus víctimas. Existen varios tipos de tales proteasas, como se puede deducir de la abundancia de colores de esos diamantes. Pero no todas las proteasas son iguales y no todos los tipos de células tienen proteasas que necesita el virus. Furin es uno de los más efectivos y se encuentra no solo en la superficie de las células, sino también en el interior. Más claramente, el peligro del nuevo sitio furin se demuestra por la diferencia entre CoV2 y su abuelo, SARS-CoV:




Como puede verse en el diagrama, en el caso de CoV2, gracias al sitio de furina, no son dos, sino tres clases de proteasas (PacMans de tres colores) las que pueden cortar su proteína S fuera de la célula. Pero quizás la diferencia más importante es que la furina también está presente dentro de la célula, por lo que puede cortar la proteína S inmediatamente después del ensamblaje del virión, proporcionando así nuevos viriones con la capacidad de fusionarse con nuevas células de inmediato (sin juego de palabras).

La importancia del nuevo sitio furin en la virulencia de CoV2 fue demostrada recientemente por un estudio en hámsteres (https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1756700) donde la desaparición del sitio furin (debido a una mutación) disminuyó en gran medida la patogenicidad y capacidad de replicación del CoV2 mutante:

La infección de hámsteres muestra que una de las variantes (Del-mut-1) que lleva la deleción de 10 aminoácidos (30 pb) no causa la pérdida de peso corporal o cambios patológicos más graves en los pulmones que se asocia con la infección por virus de tipo salvaje.​

Replicación del virus en los tejidos pulmonares de hámsteres infectados con el virus WT o Del-mut-1 SARS-CoV-2. Titulación del virus mediante ensayo de placa de tejidos pulmonares y traqueales recogidos los días 2 y 4 posteriores a la infección.




La buena noticia es que ya existen varios inhibidores de la furina y otras proteasas, y algunos de ellos (como camostat y sus análogos) (Camostat - Wikipedia) ya se están probando clínicamente contra CoV2 (https://www.drugtargetreview.com/ne...2-infection-preventing-covid-19-transmission/).

Por cierto, es posible (https://journals.physiology.org/doi/full/10.1152/physrev.00013.2020) que el nuevo sitio de furin también sea en gran parte responsable de la pronunciada morbilidad y mortalidad dependientes de la edad de CoV2:

Los pacientes con hipertensión, diabetes, enfermedad coronaria, enfermedad cerebrovascular, enfermedad pulmonar obstructiva crónica y disfunción renal tienen peores resultados clínicos cuando se infectan con SARS-CoV-2, por razones desconocidas. El propósito de esta revisión es resumir la evidencia de la existencia de plasmina (ogen) elevada en pacientes con COVID-19 con estas enfermedades comórbidas. La plasmina y otras proteasas pueden escindir extracelularmente un sitio furina recién insertado en la proteína S del SARS-CoV-2, lo que aumenta su infectividad y virulencia.​

La furina corta las proteínas en lugares estrictamente definidos, es decir, después de una secuencia RxxR (es decir, Arg-X-X-Arg, donde X puede ser cualquier aminoácido). Además, si la arginina también se encuentra en el segundo o tercer lugar (es decir, RRxR o RxRR), entonces la eficiencia de escisión aumenta significativamente.

Por lo tanto, la aparición de un nuevo sitio de escisión de furina se notó de inmediato (The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade), ya que ninguno de los parientes más cercanos o incluso lejanos de Cov2 tiene tal sitio; los coronavirus que lo tienen, comparten solo el 40% de su genoma con Cov2 (http://chinaxiv.org/user/download.htm?id=30223):

Se encontró que todos los Spike con una homología de secuencia de Spike de SARS-CoV-2 superior al 40% no tenían un sitio de escisión de furina (Figura 1, Tabla 1), incluidos Bat-CoV RaTG13 y SARS-CoV (con identidad de secuencia como 97.4 % y 78,6%, respectivamente). El sitio de escisión de furina "RRAR" en SARS-CoV-2 es único en su familia, y se traduce por su inserto único de "PRRA". Es poco probable que el sitio de escisión de la furina del SARS-CoV-2 haya evolucionado a partir de MERS, HCoV-HKU1, etc. A partir de las secuencias actualmente disponibles en las bases de datos, nos resulta difícil encontrar la fuente. Quizás todavía hay muchas secuencias intermedias evolutivas esperando ser descubiertas.​
 
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Ds_84

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Llevan un ajetreo los stratotankers ybglobemasters gringos por el.mediterraneo que tela...salen de jerez dia si dia tambien...se plantan hasta casi Israel y dan la vuelta.

Mientrastanto cadetes de todos los ejercitos con jets de practicas haciendo loopings por toda Europa.

de regal, los servicios cartograficos de todos los gobiernos UE echando humon hasta en domingo.

pero subiros la majcarilla...que infeztais roto2
 

Despistado3 (versión3.0)

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de regal, los servicios cartograficos de todos los gobiernos UE echando humon hasta en domingo.

pero subiros la majcarilla...que infeztais roto2

¿Hay trasiego militar?, ¿ejercicios aéreos?, ¿servicios cartográficos "echando humo"?

pensando:


@Despistado3 (versión3.0) joder vaya APORTACIONES más suculentas. eres un crack!!! se me acumula 'faena'.

un saludo capo

El artículo de Deigin es muy interesante. Entre otras cosas porque propone que la experimentación con virus, su modificación, la creación de "quimeras"... es algo perfectamente versosímil. Animo a su lectura. Más allá de si todo el percal va de eso o no va de eso, el artículo sirve para dejar más o menos claro que determinadas hipótesis no son equiparables a rollos como la "tierra plana" y similares. Esa equiparación es la que pretenden los grandes medios de comunicación y un sector muy amplio de la sociedad, incluyendo a los indocumentados (entre los que me incluyo, somos mayoría). Cero pensamiento crítico, ¡vacunas para tod@s!, aplauda.

Saludos!!!


*

Continuación (IV).

22.04.2020

Escribe Yuri Deigin.

Lab-made? CoV2 genealogy through the lens of gain-of-function research
Lab-Made? SARS-CoV-2 Genealogy Through the Lens of Gain-of-Function Research

¿Hecho en laboratorio? Genealogía del SARS-CoV-2 a través de la lente de la investigación de ganancia de función

Aquí hay una gran ilustración del artículo fuente de la cita anterior. Los coronavirus con un sitio furin están marcados en rosa, se muestran 3 cepas diferentes de Cov2 a las 10 en punto:




El pariente más cercano con un sitio furin es la cepa HKU5, aislada por el equipo de Shi Zhengli en 2014 en Guangzhou de murciélagos del género Pipistrellus (agregado a GenBank en 2018) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MH002340.1). Pero es un pariente muy lejano: sus proteínas de punta comparten solo el 36%.

De modo que los virólogos están desconcertados. ¿De dónde vino este inserto de 12 nucleótidos? ¿Podría estar hecho en laboratorio? Bueno, los virólogos han estudiado los sitios de furina en los coronavirus durante décadas y han introducido muchos artificiales en un laboratorio. Por ejemplo, un equipo estadounidense había insertado RRSRR en la proteína de pico del primer SARS-CoV en 2006 (Furin cleavage of the SARS coronavirus spike glycoprotein enhances cell–cell fusion but does not affect virion entry):




Y los japoneses han insertado un sitio similar (RRKR) en la proteína SARS-CoV en 2008, aunque un poco más abajo que en CoV2 (Entry from the Cell Surface of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus with Cleaved S Protein as Revealed by Pseudotype Virus Bearing Cleaved S Protein):




En el mismo año 2008, sus colegas holandeses también estudiaron estos sitios de proteasa del SARS-CoV y los compararon con el coronavirus murino MHV, que también tiene un sitio de este tipo (SRRAHR | SV), uno que es bastante similar al sitio de CoV2 (SPRRAR | SV) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2519682/):




En 2009, otro grupo estadounidense también trabajó para "mejorar" el SARS-CoV y, continuando con la tradición estadounidense de no escatimar en argininas, insertaron hasta 4 de ellos (RRSRR) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2660061/):

Para examinar el uso potencial de las posiciones S1-S2 y S2' del SARS-CoV como sitios de escisión proteolítica, primero introdujimos sitios de reconocimiento de escisión de furina en estas ubicaciones haciendo las siguientes mutaciones 664-SLLRSTSQSI - SLLRRSRRSI-671 (S1-S2) y 792-LKPTKRSF - LKRTKRSF-799 (S2').​

Pekín 2019

Pero el trabajo más reciente de este tipo que encontré fue un artículo de octubre de 2019 de varios laboratorios de Beijing (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6832359/), donde el nuevo sitio de furin RRKR se insertó no solo en algunos pseudovirus, sino en un coronavirus de pollo vivo real, el virus de la bronquitis infecciosa (IBV):




Una nota interesante al margen es que, como señalan los autores, la adición de un sitio furin permite que el virus mutante infecte las células nerviosas. Quizás el sitio de furina de CoV2 es la razón por la que algunos pacientes con CoV2 presentan síntomas neurológicos, incluida la pérdida del olfato (https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acschemneuro.0c00122):

La mutación del sitio S2 'de la proteína de pico (S) del genotipo QX (tipo QX) en un fondo de virus recombinante da como resultado una mayor patogenicidad, síntomas neurales pronunciados y neurotropismo en comparación con las condiciones en pollos infectados con IBV de tipo salvaje (WT-IBV) . En este estudio, presentamos evidencia que sugiere que el IBV recombinante con un sitio mutante S2 '(sitio furin-S2') conduce a una mayor mortalidad. La infección por IBV mutante induce encefalitis grave y rompe la barrera hematoencefálica.​
...​
En resumen, nuestros resultados demuestran que el sitio de escisión de la furina arriba del FP en la proteína S es un sitio importante para CoV, modulando la entrada, la fusión célula-virus, la adaptación a su célula huésped, el tropismo celular y la patogenicidad, pero no la antigenicidad.​
 
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