Una cosa es ser empresario individual, lo que la gente llama: "autónomo" y otra cosa crear una forma jurídica de tipo societario (las dos más importantes son la S.L y la S.A.; dentro de la S.L. está la S.L.U (unipersonal)).
La diferencia está tanto en los procedimientos de constitución de uno y otro, de los derechos y obligaciones que se generan y quién los tiene, de las responsabilidades, de las actividades administrativas a llevar a cabo una vez constituidas una y otra que son diferentes, etc...
Como empresario individual no hay diferencia entre tú como persona física y el negocio. El negocio eres tú y sus obligaciones son las tuyas y sus derechos ídem. Al igual que las obligaciones de tu persona física fuera del negocio también lo son de este. Es decir negocio y tú es lo mismo.
Conlleva muchos menos trámites para su constitución y luego la gestión a no ser que estés en Estimación Directa es bastante más fácil que la constitución de una sociedad.
Si constituyes una sociedad, esta y tú sois personas diferentes. En Derecho persona significa sujeto a derechos y obligaciones. Tú eres persona física y la empresa es persona jurídica. Por lo tanto la empresa una vez constituida ante notario con los estatutos que tú les lleves (las reglas por las que se regirá la sociedad) e inscrita en el Registro Mercantil (para que cualquiera pueda consultar tanto las escrituras como posteriormente las cuentas depositadas) tiene su propia personalidad jurídica. Está sujeta a derechos y obligaciones que en principio son diferentes a los tuyos como persona física.
La sociedad responde con su patrimonio de sus deudas y en principio tu patrimonio es intocable (todo esto está sujeto a múltiples matices en función de diferentes sentencias que acercan más o menos la responsabilidad de la empresa a la de sus socios).
Con la sociedad, una vez constituida, tienes muchos más trámites burocráticos a realizar. En principio tienes que llevar una contabilidad formal, cosa que el empresario individual a no ser que esté en Estimación Directa no tiene que llevar.
La sociedad tributa por el impuesto sobre Beneficios, que se calcula en función de la cuenta de pérdidas y ganancias del plan general de contabilidad.
El empresario individual tributa en el IRPF su negocio como una fuente más de renta como pueden ser las del trabajo, las rentas tanto mobiliarias como inmobiliarias, incrementos de patrimonio, etc... pues lo que ganes como empresario individual lo metes en el IRPF sumando a las otras fuentes, si tienes más. Dentro del IRPF puedes estar en distintos regímenes según elijas. Puedes estar en módulos o en Directa. La forma de calcular los rendimientos según un régimen u otro es diferente. En módulos es hacienda quién te dice lo que has ganado por cada módulo mientras que en Directa se calcula igual que en el impuesto sobre beneficios, es decir Ingresos - Gastos.
Los socios que a su vez son directivos de la sociedad deben de darse de alta en el régimen de la Seguridad social de autónomos cuando estos se dedican también a la gestión de la propia sociedad.
En fin, a grosso modo, espero haberte ayudado.