Ejemplo de aislamiento del H141 y crítica rápida 
ScienceDirect - Vaccine : On the use of hemagglutination-inhibition for influenza surveillance
"Three 45-day-old pigs were submitted to the Research Unit of Green Cross Veterinary Products for diagnosis of swine influenza infection
O sea, primero diagnostican a unos cerdos y dicen que tienen gripe.
Primera premisa falsa y fuente de error.
and nasal swabs were used to isolate the influenza A viruses by inoculation into 11-day-old chicken eggs.
Aqui el término "to isolate the influenza A viruses" es engañoso, pues ningún organismo se aisla inyectando muestras de tejido en un huevo, sería jauja!
Evidentemente es una declaración de intenciones de los pasos siguientes.
Allantoic fluids were clarified by low speed centrifugation
Aqui empieza la supuesta concentración del bichito. Se parte del falso supuesto de que el bichito tiene que ser el que ellos quieren que sea.
Segunda premisa falsa y fuente de error.
and stored at −70 °C after 3–4 days of incubation. Influenza A viruses were subtyped by hemagglutination-inhibition (HI) testing (Nath et al., 1975)
Primer intento de identificar qué cachopo hay en la mezcla.
Se supone que tiene que ser un bichito POR narices (el cerdo está malito) y además de gripe. No se deja la puerta abierta a ninguna otra interpretación.
La medición de cambios antigénicos basada en ensayos de HI ha sido ya criticada por su escasa capacidad predictiva respecto a los supuestos bichito gripales [1]. Medidas alternativas han sido propuestas [2], [3] y [4]. Estas críticas exigen nuevas formas de
interpretar los resultados de HI, a la vista del
poco éxito de las banderillas gripales [5] y [6].
tercera premisa falsa y fuente de error.
using H1 and H3 monospecific antisera and by reverse tran******ion (RT)-PCR assays (Song et al., 2003 and Choi et al., 2002a). HI testing was conducted using reference swine antisera (kindly provided from Veterinary Diagnostic Laboratory, Iowa State University, Ames, IA). These antisera were monospecific for either H1N1 SIV (A/Sw/IA/1979) or a recent US H3N2 SIV isolate (A/Sw/IA/41305/1998).
Aqui seguimos trabajando a nivel puramente molecular (PCR).
Como referencia se usan sueros porcinos "aislados" por un método similar. La pescadilla que se muerde la cola, el test se compara consigo mismo.
cuarta premisa falsa y fuente de error.
Antiserum to this isolates were of swine origin. The test was performed using the alphamethod (i.e., variable bichito concentration and constant antibody titer) (Carbrey et al., 1973). This isolated bichito was designated as A/Swine/Korea/GC0503/2005.
Aqui se ya da por "aislado" el bichito, cuando en realidad solo han detectado unos anticuerpos de cerdo. Hasta le dan nombre ya y todo.
Error consumado y listo para la publicación.
Viral RNA was extracted from allantoic fluids using Trizol LS according to the manufacturer's instructions.
Vaya! ahora resulta que el bichito no estaba aislado, sino que era un simple líquido filtrado conteniendo TODO lo que haya pasado por la membrana de adsorción.
La presunción de que es material viral se hace porque "es muy pequeño"
Mas premisas falsas, y no acaba aqui la cosa...
RT and PCR were carried out under standard conditions using random hexamer primers. Amplification of the hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), PA, PB1 and PB2 polymerase genes was accomplished using H1F-H1R, N1F-N1R, PAF-PAR, PB1F-PB1R, and PB2F-PB2R, as previously described (Choi et al., 2002a and Choi et al., 2002b). For genotyping of A/Swine/Korea/GC0503/2005, amplification and sequencing of nucleoprotein (NP), matrix (M) and non-structural (NS) genes were performed as described previously (Zou, 1997).
Ahora entramos a la fase de secuenciación, previa AMPLIFICACION de todo lo que en la muestra se parezca a trozos de RNA.
quinta premisa falsa y fuente de error.
The sequences of the isolated bichito were compared to the Genbank sequences of reference viruses with gaps treated as “missing”, as per the PAUP rule.
Aqui ya estamos dando palos de ciego. Mezclamos todos los errores: autoreferencia (bichito "de referencia" obtenidos por el mismo método), secuencias que faltan y que hay que rellenar etc. etc..
Sequence comparisons to reference viruses were conducted using Bioedit software. Alignments of individual influenza bichito sequences were created using the ClustalX program (Thompson et al., 1997).
Aqui los autores ya han PERDIDO EL CONTROL y están a total merced de los programadores
El resultado final dependerá en un 100% del algoritmo de clustering que se haya programado (hay miles de variedades y todas producen secuencias diferentes).
sexta fuente de error GARRAFAL.
The phylogenetic relationships between the H1N1 isolate and selected reference viruses were estimated from their nucleotide sequences
Y ahora, con todos sus narices, los autores utilizan las comparacinoes ALEATORIAS del algoritmo de clustering de turno para encontrar la "familia" a la que el supuesto bicho pertenece.
Si a estas alturas crees que este bichito existe ERES estulto PROFUNDO
by employing the maximum parsimony method, with a tree-bisection-reconnection branch swapping algorithm and a MULTITREES option being used (PAUP software, v.4.0b2; David Swofford, Smithsonian Institution). Kimura model was used as an evolutionary model."
Y si señoras y señores, de esta manera tan chapucera, llena de prejuicios y de autoreferencias, se descubren varios "bichito" por minuto. Se les asigna automáticamente carácter patológico, la autoría de la enfermedad de turno por el método de correlación, o sea, meramente porque las secuencias "estaban ah'" en un animal enfermo. Los principios de Koch se los han pasado olímpicamente por el arco del triunfo.
Esto es mala ciencia, peligrosa y chapucera, basada enteramente en premisas y falsos perjuicios sin siquiera tomarse la molestia de demostrarlos.
[1] Webster R, Cox N, Stohr K. WHO Manual on Animal Influenza Diagnosis and Surveillance. WHO/CDS/CSR/NCS/2002.5 Rev.1, 2002.
[2] M.W. Deem, Entropy disease and new opportunities for chemical engineering research, AIChE J 51 (2005), pp. 3086–3090. Full Text via CrossRef | View Record in Scopus | Cited By in Scopus (1)
[3] V. Gupta, D.J. Earl and M.W. Deem, Quantifying influenza vaccine efficacy and antigenic distance, Vaccine 24 (2006), pp. 3881–3888. Article | PDF (325 K) | View Record in Scopus | Cited By in Scopus (8)
[4] E.T. Munoz and M.W. Deem, Epitope analysis for influenza vaccine design, Vaccine 23 (2005), pp. 1144–1148. View Record in Scopus | Cited By in Scopus (18)
[5] C.B. Bridges, W.W. Thompson, M.I. Meltzer, G.R. Reeve, W.J. Talamonti and N.J. Cox et al., Effectiveness and cost-benefit of influenza vaccination of healthy working adults – a randomized controlled trial, JAMA 284 (2000), pp. 1655–1663. Full Text via CrossRef
[6] A.L. Chan, H.J. Shie, Y.J. Lee and S.J. Lin, The evaluation of free influenza vaccination in health care workers in a medical center in Taiwan, Pharm World Sci 30 (2008), pp. 39–43. View Record in Scopus | Cited By in Scopus (2)
