Disputas con Pedrarias
Las acusaciones del bachiller Fernández de Enciso, a quien Núñez de Balboa había despojado del poder, y la destitución y posterior desaparición de Nicuesa hicieron que el rey nombrara gobernador de la nueva provincia de Castilla de Oro a Pedro Arias de Ávila, mejor conocido como Pedrarias Dávila, quién después se destacó por su actitud sanguinaria y que sustituiría la gobernación de Veragua. Cuando de Arbolancha llegó, hizo que se calmaran un poco los ánimos y las peticiones de hombres que Balboa había hecho al monarca español las cumplió éste a través del nuevo gobernador, quien partió con una expedición de 1500 hombres y 17 naves, siendo la más numerosa y completa que había salido de España con destino a América.
En esta gran expedición lo acompañaron el licenciado Gaspar de Espinosa con el cargo de Alcalde Mayor, el mismo bachiller Fernández de Enciso ahora como Alguacil Mayor, el cronista Gonzalo Fernández de Oviedo que iba en calidad de oficial real; varios capitanes, entre ellos Juan de Ayora como lugarteniente de Pedrarias; varios clérigos entre los que resaltaba el fraile franciscano Juan de Quevedo asignado como obispo de Santa María; y finalmente venían mujeres entre las cuales estaba Isabel de Bobadilla, esposa de Pedrarias. Más de quinientos hombres murieron de hambre o víctimas del clima poco después de desembarcar en Darién. Fernández de Oviedo expresó que caballeros cubiertos de sedas y brocados, que se habían distinguido valerosamente en las guerras de Italia, morían de inanición consumidos por la naturaleza de la selva tropical.
Balboa recibió a Pedrarias junto con sus emisarios, en el mes de julio de 1514 y aceptó bastante resignado la sustitución del cargo de gobernador y Alcalde Mayor, esto causó algo de rabia entre los colonos y algunos ya pensaban en usar las armas para enfrentarlos, sin embargo Núñez de Balboa mostró su respeto con los nuevos emisarios coloniales.
Cuando Pedrarias tomó el cargo, Gaspar de Espinosa apresó a Núñez de Balboa y se le enjuició «en ausencia», dando como resultado el pago de una indemnización a Fernández de Enciso y a otros acusadores de parte de Núñez de Balboa y fue declarado inocente de la muerte de Nicuesa, por lo que fue liberado posteriormente.
Debido a la situación de sobrepoblación en Santa María, Pedrarias llamó a varios expedicionarios para buscar nuevos sitios para establecerse; Núñez de Balboa le pidió a Pedrarias para que pudiera realizar una expedición al Dabaibe, en la cuenca del Atrato; donde se rumoreaba que existía un templo con grandes riquezas; sin embargo, esta expedición fue un fracaso y Núñez de Balboa quedó herido por los constantes ataques de los indígenas de la región.
A pesar de esto, no detuvo las ambiciones de Núñez de Balboa de seguir recorriendo nuevamente el Mar del Sur, así que logró conseguir secretamente un contingente de hombres provenientes de Cuba y la embarcación que los traía se estableció en las afueras de Santa María, el encargado de la embarcación avisó a Balboa y dio a éste la cantidad de 70 castellanos. Pedrarias no tardó en darse cuenta de la presencia de la embarcación y furioso apresó a Núñez de Balboa, le quitó a los hombres que necesitaba y estaba dispuesto a encerrar al conquistador en una jaula de madera; sin embargo, el arzobispo de Quevedo apeló para que no cometiera tal castigo.
Por suerte, en esos días, la Corona española había reconocido el gran servicio de Núñez de Balboa, y el rey lo investía con el cargo de Adelantado del Mar del Sur y Gobernador de Panamá y Coiba; sumado a eso el rey recomendó a Pedrarias que guardara todas las consideraciones y que lo consultara de cualquier asunto relacionado a la conquista y el gobierno de Castilla de Oro. Esto motivó que Pedrarias absolviera a Núñez de Balboa por el asunto de la llegada clandestina de hombres para su campaña.
Ocaso y muerte
A partir de ese momento la rivalidad entre Núñez de Balboa y Pedrarias cesó de repente, en parte también por la acción tomada por el arzobispo de Quevedo junto con Isabel de Bobadilla para dar en matrimonio a una de las hijas de Pedrarias, María de Peñalosa, que se encontraba en España; así se dispuso el matrimonio y el arzobispo partió rumbo a España. La boda se realizó por poderes pero nunca se llegaron a conocer (María de Peñalosa se casaría más tarde con Rodrigo Contreras). Las relaciones amistosas con Pedrarias duraron apenas dos años y Núñez de Balboa comenzó a tratarlo con afecto paternal.
Núñez de Balboa quiso continuar la exploración del Mar del Sur, pero su suegro retardó en todo lo posible su partida. Como la oposición a este proyecto ya no era sostenible dentro de la aparente cordialidad que reinaba entre ambos, Pedrarias consintió que Núñez de Balboa llevara a cabo dicha expedición, dando licencia al conquistador para que explorara por un año y medio.
Así entre 1517 y 1518, Núñez de Balboa se trasladó a Acla con 300 hombres y logró preparar los materiales para hacer los barcos, haciendo uso de indígenas y esclavos jovenlandeses. Logró trasladarse hasta el río Balsas donde construyó cuatro navíos. Navegó 74 kilómetros por el Pacífico, recorriendo el archipiélago de las Perlas y luego las costas de Darién hasta Puerto Piñas, lugar donde existían muchas de estas frutas. Durante estas exploraciones escuchó acerca de un gran imperio que quedaban en las tierras al sur y de las grandes riquezas que ésta tenía, para poder viajar hasta esas tierras de riquezas ilimitadas regresó a Acla para continuar la construcción de embarcaciones más sólidas que lo pudieran examinar.
No obstante, al regreso Pedrarias le escribió cartas en términos cariñosos para que se presentara ante él con mucha urgencia, y Balboa accedió rápidamente. En mitad de camino se encontró con un grupo de hombres al mando de Francisco Pizarro, quien lo detuvo por orden del gobernador y fue acusado de traidor por intento de usurpación del poder contra Pedrarias y de tratar de crear un gobierno aparte en el Mar del Sur. Núñez de Balboa indignado, negó esta acusación y solicitó que se le enviara a La Española o a España para su juicio; pero Pedrarias, en conjunto con el alcalde de Espinosa, ordenaron que se ejecutara el juicio lo más pronto posible y que se abrió a mediados enero de 1519. Núñez de Balboa fue sentenciado por de Espinosa con la pena de muerte el 15 de enero e iba a ser decapitado junto con cuatro de sus amigos, Fernando de Argüello, Luis Botello, Hernán Muñoz y Andrés Valderrábano acusados de cómplices, en el poblado de Acla, como demostración que la conspiración tenía raíces en la colonia.
Núñez de Balboa fue conducido al patíbulo con sus amigos y la voz del pregonero que iba a cometer la ejecución dijo: «Ésta es la justicia que el Rey y su teniente Pedro Arias de Ávila mandan hacer contra este hombre por traidor y usurpador de los territorios de la Corona». Núñez de Balboa no pudo contener su indignación y respondió: «Mentira, mentira; nunca halló cabida en mí semejante crimen; he servido al Rey como leal, sin pensar sino en acrecentar sus dominios». Pedrarias observó la ejecución, oculto detrás de un tablado: un verdugo con un hacha consumó el castigo. Las cabezas de los decapitados permanecieron varios días expuestas en el pueblo, ante la curiosidad y temor de los habitantes. Se desconoce el destino de los restos de Núñez de Balboa, debido en parte a que los textos y crónicas no mencionan lo que ocurrió después de su ejecución.
Y fue así como Francisco Pizarro, al entregar a Nuñez de Balboa a su muerte, consiguió el apoyo de Pedrarias para la organización de la expedición que lo llevaría a la conquista del Perú, y Gaspar de Espinosa fue quien recorrió parte del Mar del Sur en los barcos que el mismo Núñez de Balboa mandó a construir. Luego en 1520, Fernando de Magallanes rebautizaría el mar como Océano Pacífico, por sus aparentemente calmas aguas.
: A las Indias en el siglo XVI se iban los pobres de solemnidad, delincuentes fugitivos y un puñado de hidalgos, hijos menores de familia arruinada que no tenian donde caerse muertos en Castilla. Esta todo muy bien documentado en este aspecto.
