Al igual que si la empresa te ha pagado de menos no puedes coger de la oficina un ordenador por el mismo valor que te deben, la empresa puede hacer dos cosas.
1.- Proponerte que se lo vayas devolviendo siempre que haya mútuo acuerdo (que es lo que han hecho).
2.- Demandarte por la vía social/laboral (no civil como han comentado otros foreros). Es una demanda de declaración de cantidad, en la que deberán acreditar la cantidad de más que se te pagó ante el juez y éste tras valorar las pruebas, te condenará, o no, a devolver dicha cantidad.
La única manera de que te compense algo de la nómina el empresario es si trabajas manipulando dinero (cajero de gasolinera, p.ej), no cuadra el cierre de caja y viene recogido por convenio el complemento de quebranto de moneda. Y aun así como máximo sólo pueden enajenarte la cantidad de ese complemento, para cantidades mayores deben acudir a la jurisdición social, ya que en un Estado de Derecho (al que tanto gusta nombrar a algunos), uno no puede autotutelarse (si pegas a mi hermano, voy al dia siguiente y te pego una paliza)
Normalmente lo que se hace es llegar al acuerdo porque la gente quiere conservar su puesto de trabajo, pero si no es tú caso, pues haz lo que creas conveniente.
De lo que no me acuerdo muy bien ya que no trato los temas de derecho tributario, es que pasa con los ingresos indebidos a Hacienda (IRPF) y a la Seg. Social, pero creo recordar que debe ocuparse de ello el empresario en los correspondientes boletines reclamando los ingresos indebidos.
saludos