Es que la gente ha acomodado el refrán y lo ha cortado por la mitad. El refrán ha sido siempre "Una de cal y otra de arena, y la obra saldrá buena" o la variante "Una de cal y otra de arena, hacen la mezcla buena".
En los tiempos del refrán, cuando el cemento no existía, la mezcla para fijar la piedra era el mortero, que se obtenía con una mezcla de cal y arena. La cal era el material bueno y caro, mientras que la arena era el material que podía encontrarse en cualquier sitio, barato o gratis.
Podría decirse que lo que el refrán quiere decir es que hacen falta cosas buenas y malas para obtener el todo. Y la parte buena es, obviamente, la cal.