Pues a la señora decirle que no puede hacer eso de indicar en un ingreso a donde quiere destinarlo específicamente, o lo puede hacer si quiere, pero el banco puede legalmente cargarle ese ingreso en la hipoteca "grande".

Por lo que entiendo la señora tiene dos propiedades. Aquí la solución es que venda una de ellas, preferentemente la propiedad de la hipoteca "pequeña". Y si saca un excedente, cancelar parte de la hipoteca "grande".
Si ambas hipotecas están sobre una misma propiedad, entonces si que no tiene ningún sentido que especifique o que indique nada, porque si no pagase cualquiera de las dos embargarían en el piso.

Saludos.