He instalado ubuntus en los 901, los conozco bien

. Si, puedes hacer las 3 particiones en el otro disco duro sin perjudicar para nada a C:\ . En el caso de ser un EEEPC no hagas la partición SWAP (area de intercambio) pero si tanto / como /home .
No confíes en instalaciones inteligentes, haz las particiones tú manualmente desde el propio instalador de linux. Dejale 4gb a / y todo el resto a /home y disfruta un SO libre hecho de gente para la gente. Bienvenido

y recuerda crearlas en EXT3 y no toques para nada la partición de windows y no te afectará en nada y tendrás dual boot automáticamente.
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“No hay decisiones. Todo es una línea recta. La ilusión viene después, cuando te preguntas ¿Por qué yo? y ¿Qué hubiera pasado si...? Al mirar hacia atrás, se ven las ramas, como un bonsái podado o un rayo quebrado. Si hubieras hecho algo de otra manera, no serías tú, sería otra persona la que mirase hacia atrás haciéndose preguntas completamente diferentes.”
Max Payne