14-may-2009, 10:26
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Iniciado por allseeyingeye  Recordemos las palabras del profeta:
Iniciado por PutinReReloaded No tan rápido.
Un virus es tan real como la precisión de los medios utilizados para aislarlo y secuenciarlo. No andan por la calle con gorra roja, zapatillas de tenis y el carne de identidad en la mano, ¿sabes?
Pero no se acaba ahí el problema, luego todavía falta relacionarlo inequívocamente con la efermedad de modo causal.
Desgraciadamente, la viromancia se sirve de disciplinas que no entiende - como la bioquímica y la informática - ignorando sus limitaciones por lo que acaba interpretando como "virus" lo que es un simple ruido de medida (artifacts). Al ser ruido su estructura cambia continuamente, lo que el viromante interpreta como mutaciones. De demostraciones causales ya pasan directa y olímpicamente.
Las dos fuentes principales de ruido son la amplificación (PCR y similares, ej: PCR-induced sequence artifacts and bias) y la secuenciación mediante algoritmos de alineamiento que por naturaleza son no-deterministas y extremadamente sensibles a las condiciones iniciales:
Alineamiento de secuencias
Filogenética computacional
...calculan después un alineamiento múltiple de secuencias a partir del árbol de mayor puntuación (de entre muchos árboles y funciones de puntuacón posibles). Los métodos comunes de construcción de árboles filogenéticos son principalmente heurísticos* (de error arbitrario). puesto que el problema de seleccionar el árbol óptimo, al igual que el problema de seleccionar el alineamiento múltiple de secuencias óptimo, es NP-complejo (solución exacta impracticable).
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Funciones de puntuación
Puede resultar muy útil e instructivo intentar el mismo alineamiento diferentes veces con diferentes elecciones de matrices de puntuación y/o diferentes valores de penalización por huecos, (ojímetro y gusto personal) y comparar los resultados. Las regiones donde la solución sea poco consistente, o no sea única, pueden ser identificadas a menudo observando qué regiones del alineamiento son robustas a variaciones en los parámetros de alineación.
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Secuencias repetitivas en la base de datos o en la consulta también pueden distorsionar tanto la búsqueda de resultados y la valoración de su significación estadística. BLAST filtra automáticamente tales secuencias repetitivas en la consulta para evitar éxitos aparentes que correspondan a artefactos estadísticos. (ruido de medición)
... Como se ve, el "descubrimiento" de nuevos virus y su afiliación está plagado de conjeturas. También es altamente subjetivo porque de entre los diferentes resultados producidos, el operario goza de plena libertad para escoger los que sean acordes con su idea preconcebida de lo que tiene que ser una solución "correcta".
En tales circunstancias, con tanto "artefacto estadístico" donde elegir y tanto parámetro a ojímetro, la puerta queda abierta a teorías "autoproféticas" que ignoran resultados adversos y ven solo los que apoyan a las hipótesis favoritas.
Resumiendo: la identificación del supuesto virus tiene un margen de error arbitrariamente grande, imposible de acotar.
Lo mas chocante es que todo el mundo acepte una teoría de la enfermedad que falla en sus predcciones, no describe la epidemiología y es incapaz de producir remedios eficaces. Siempre tienen que salir del paso con la excusa de supuestas mutaciones.
El caso que nos ocupa es el mas grotesco de la historia, los errores de medida se interpretan como cruce a tres bandas de un virus porcino, otro humano y un tercero aviar:
Un nuevo virus híbrido con componentes de porcino, aviar y humano Nada les parece ya suficientemente absurdo como para hacerles tirar sus instrumentos de medida por el wáter abajo junto a sus estériles teorías.
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(*) En computación, dos objetivos fundamentales son encontrar algoritmos con buenos tiempos de ejecución y buenas soluciones. Una heurística es un algoritmo que abandona uno o ambos objetivos. Se espera que encuentren buenas soluciones "subóptimas", aunque no hay pruebas de que la solución no pueda ser arbitrariamente errónea. La heurística se usa cuando no hay método conocido para encontrar una solución óptima o no hay recursos para ejecutarlo.
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